Стив МакГаррет сидит в тюрьме в ожидании суда по обвинению в убийстве губернатора, Дэнни приводит к нему неожиданного посетителя, чтобы помочь очистить его имя. Между тем, Коно отстранена от работы в ожидании внутреннего расследования.
Отдел 5.0 расследует дело о похищении юной сёрфингистки. Тайна происхождения девушки приводит их к общине сектантов. Между тем, по результатам внутреннего расследования Коно лишена полицейского значка. Новый губернатор Дэннинг направляет офицера Лори Уэстон (Лорен Джерман) присоединиться к Отделу 5.0, для того, чтобы контролировать действия Стива МакГаррета и его команду и следить за соблюдением правил.
В джуглях обнаружен труп морского пехотинца, предположительно совершившего самоубийство. По просьбе своего наставника по «морским котикам» Джо Уайта (Терри О’Куинн) Стив МакГаррет убеждает Макса провести вскрытие, считая, что это убийство. Макс обнаруживает странные совпадения с другим трупом морского пехотинца, погибшего в аварии. Между тем, Чин Хо беспокоится о Коно, тусующейся с группой экс-полицейских, включая Фрэнка Делано.
Отдел 5.0 должен расследовать смерть аквалангиста, занимавшегося охотой за сокровищами, и найти связь между его больной матерью и скорой помощью 1939 года. Чин понимает, что Коно использовала его логин и пароль, чтобы войти в базу данных полиции, и приезжает поговорить с ней, но опять видит её с Фрэнком Делано (Уильям Болдуин) и его бандой экс-полицейских. Стив МакГаррет узнает, что Джо Уайт не отсылал в ЦРУ видеозапись с губернатором, Во Фатом и его отцом.
Негативное влияние Фрэнка Делано на Коно становится всё сильнее, когда она включается в расследование Отделом 5.0 убийства волейбольного тренера в связи с отмыванием денег. Чин начинает проводить время со своей бывшей невестой Малией.
Труп в бассейне «помогает» раскрыть серию дерзких ограблений. Но в результате МакГаррету приходится выйти на ринг.
Два человека убиты во время съёмки документального фильма о гавайских древних захоронениях. А Дэнно никак не найдёт новую квартиру.
Самолёт «Сессна» падает в море у северного побережья Оаху, но патологоанатом выясняет, что пилот — таможенный агент Моника Дженсен — была мертва ещё до взлёта. Расследование приводит команду МакГаррета то в магазин, легально торгующий марихуаной, то на склад контрабандных редких животных, то в лавку китайских лекарств. Дэнни находит себе нового четвероногого друга.
Полиция находит труп человека, недавно перенёсшего пластическую операцию, в багажнике «маслкара». Задача Отдела 5.0 — выяснить чей же это труп и кто убийца. А помимо этого — узнать, за что Макс обижен на Стива и Дэнно.
Самая удивительная серия сезона, в которой расследование убийства журналистки приводит к Дженне Кей. МакГаррет попадает в безвыходное положение, а отряд 5.0 с помощью Джо Уайта его спасает. Между тем, Чин Хо Келли объявляет о своей помолвке.