Прошло шесть месяцев с тех пор, как Бут и Бреннан оставили свои должности в ФБР и институте Джефферсона. Бреннан родила второго ребенка — мальчика, которого назвали Хэнком в честь дедушки Бута. Бут тренирует новых рекрутов ФБР. Команда Джефферсона обнаруживают тело, которое сожгли в машине, и поначалу идентифицируют его как Бута. Бреннан отправляется в институт, чтобы перепроверить эти данные. Тем временем Обри вынужден работать с агентом Миллером из внутренних расследований и одновременно искать пропавшего Бута.
В институте Джефферсона Бреннан окончательно уверяется, что тело принадлежит Буту, но только не Сили, а его младшему брату Джареду. Выясняется, что Джаред втянул Сили в опасную авантюру, его самого убили, а Сили серьезно ранили. Обри и Кэролайн подозревают, что агент Миллер скрывает важную информацию, от которой напрямую зависит жизнь Бута. Из-за тяжелого ранения у Бута остается все меньше времени...
Бут и Бреннан возвращаются на свои рабочие места в ФБР и институт Джефферсона соответственно. Они расследуют дело о смерти мужчины, которого обнаружили в рыбном хозяйстве и чьи органы были изъяты и проданы на черном рынке. Бут снова привыкает к работе в ФБР, где Обри занял его кабинет; вместе с тем он расстроен, что пепел его брата по всей видимости потеряли на почте. Тем временем Ходжинс уговаривает Энджелу устроить выставку ее фотографий.
Команда расследует смерть человека, чьи останки были съедены койотами. Они узнают, что он был вовлечен в конкурентный фэнтезийный футбол, в связи с чем появляются сразу несколько подозреваемых. Бреннан заручается поддержкой коллеги — судебного антрополога доктора Бэт Майер (Бетти Уайт), которая делает несколько значительных вкладов в расследование дела. Между тем Бреннан рассказывает Буту, что планирует в своем последнем романе убить персонажа, который с него списан; это вызывает недоумение и раздражение Бута.
Кроссовер с телесериалом «Сонная Лощина». Команда Джефферсона находят обезглавленный труп в церкви во время Хэллоуина. В расследовании им помогает агент ФБР Эбби Миллс (Николь Бехари) и Икабод Крейн (Том Мисон). Они обнаруживают, что убитый 200 лет назад человек связан с их текущим расследованием убийства студентки-медика. Второй частью кроссовера является эпизод «Мертвецы не рассказывают сказки» третьего сезона «Сонной Лощины», в котором появляются Бут и Бреннан.
Смерть американского сенатора приводит Бута и Бреннан к расследованию Капитолийском холме. Среди подозреваемых числятся жена убитого и парламентский организатор. Тем временем Кэролайн Джулиан заставляет Обри обратить внимание на стажера Бреннан Джессику, заявляя, что он ей очень подходит. Обри начинает в этом сомневаться, обнаруживая некоторые факты из ее прошлого. Также Обри рассказывает о своих политических амбициях — через десять лет он хочет быть сенатором.
Расследование смерти эскейполога, чьи останки нашли в лесу, приводит Бута и Бреннан в Волшебный Дворец, где работал погибший. Они находят несколько подозреваемых в кругу сообщества «магов». Тем временем Себастьян Коль возвращается, чтобы работать с Энджелой над ее фотографиями, а позднее попросит Кэм пойти с ним на свидание.
Команда расследуют дело о смерти политического журналиста, который опубликовал документы, разоблачающие коррупцию в АНБ. Убийцей оказывается источник тех самых документов, который также арестован по обвинению в госизмене. Между тем сын Бута Паркер возвращается из Лондона, а команда Джефферсона собирается вместе, чтобы отпраздновать День Благодарения.
Бут и Бреннан идут под прикрытием как Бак и Ванда на состязание по стрельбе в стиле Старого Запада. Одновременно пытаясь поймать убийцу, они также получают шанс выиграть на соревнованиях. Тем временем Кэм продолжает свои отношения с Себастьяном, а Ходжинс сообщает Энджеле, что пока не готов заводить еще детей и счастлив с той семьей, которая у него сейчас.
Тело полицейского, начиненное бомбой, детонирует на месте преступления, убивает нескольких полицейских и значительно ранит Обри и Ходжинса. Пока Ходжинс, казалось бы, выздоравливает быстро, Обри находится в критическом состоянии и нуждается в хирургической помощи. К Буту присоединяется поведенческий аналитик Лесли Грин, которая помогает с делом, а Арасту возвращается в институт Джефферсона, услышав о том, что произошло. Состояние Ходжинса резко ухудшается; в больнице команде сообщают, что его парализовало в результате травмы от взрыва.