Борджиа, 3-й сезон

После полного выздоровления Александр поручает кардиналу Сфорца провести «инквизицию» среди кардиналов, которые вели политику против него, в то время как его жизнь висела на волоске. Александр увольняет и высылает всех кардиналов, которым не доверяет. Но один из них — кардинал Орсини — отказывается молча покидать свою должность, и вынуждает Папу отбросить статус Его Святейшества. Между тем, Катерина Сфорца приказывает Руфио заручиться поддержкой наемных военачальников семей Романьи — Орсини, Вителли и Колонна. Лукреция раздражена, что ее родственники со стороны супруга не будут приветствовать ее сына Джованни в суде; плюс она понимает, что ее чувства к Чезаре выходят за рамки сестринских.

Поскольку большинство кардиналов уволены и лишены своих званий и богатства, один из них, кардинал Версуччи, в гневе поджигает Ватиканское казначейство после кражи крупной суммы. Возмущенный тем, что новый король Фердинанд высокомерно отказал принять Джованни как сына Лукреции, Чезаре отправляется в Неаполь решить эту проблему. Позже Чезаре начинает рассматривать союз с давним врагом Франции, в то время как Александр упорно придерживается своего плана союза с Неаполем, и, следовательно, с Испанией. После свадьбы Лукреции и Альфонсо, Альфонсо понимает, что политический перевес не в его пользу. Расстроенный, он оставляет Лукрецию одну в брачную ночь, что в конечном итоге подталкивает ее в объятия своего брата.

Недавно назначенный по просьбе его сестры Джулии кардинал Фарнезе берет на себя казначейство и быстро обнаруживает воровство Версуччи. Микелетто отправлен на поиски своенравного кардинала. Между тем, узнав о просьбе Венеции о помощи против турецких корсаров, Александр видит в этом шанс пополнить казну и резко призывает к Крестовому походу. Будучи обеспокоена за лояльность новых кардиналов, Джулия устраивает для них каштановый банкет, который, по сути, является ловушкой для кардиналов в целях их будущей лояльности. Тем временем король Фердинанд узнает, что брачная церемония Лукреции и Альфонсо так и не была завершена, а поэтому требует публичного доказательства проявленной любви. Однако унижения Лукреции лишь сильнее связывают отношения между ней и ее братом.

Дипломатическая миссия Чезаре во Франции имеет успех: пройдя через все сложности французского суда благодаря советам Макиавелли, Чезаре делает союзника архиепископа д'Амбуаза, благородной жены — Шарлотты д'Альбер — залог военного союза против Милана и врагов Борхиаса. Вернувшись в Рим, обольстительная и опасно безумная Бьянка покончила с собой, побуждая Александра и кардинала Сфорца действовать в сторону подавления жестокого заговора Гонзэги. Лукреция едет в Неаполь в сопровождении своего мужа и под защитой Микелетто. Король Фердинанд остается тверд в своем решении, что маленький Джованни не будет признан в суде. Узнав об этом, Лукреция подготовит для него рецепт ядовитых грибов, но Микелетто сам займется этим вопросом.

Когда в земли северной Италии, принадлежащие Чезаре, вторглась французская армия, Александр в ярости рассматривает этот поступок как вызов его власти и неохотно принимает план Чезаре уничтожить династию Сфорца, начиная с Людовика, герцога Милана. Катерина тем временем придумала собственный заговор: биологическая война. С помощью Руфио она посылает зараженную чумой ткань, обернутую вокруг ложного послания мира, Александру. Чезаре приказывает уничтожить послание, даже не вскрыв его, но честолюбивый новый кардинал Констанцо ослушается и придерживает сообщение в своих собственных целях, и вскоре вся его семья находится во власти чумы. Будучи обеспокоен отсутствием средств для Крестового похода, Александр налагает карательные налоги на недавно прибывшую еврейскую общину. Однако один умный член общины Маттеи утверждает, что способен достать святую реликвию, давно потерянное Копье Лонгина. Кардиналы Фарнезе и Петруччи соперничают, чтобы предоставить Папе Римскому «настоящую» реликвию, но уважение Папы Римского получает Маттеи, в результате чего рождается невероятный союз.

Чезаре сжигает дворец Констанцо, а вмести с ним и самого кардинала, чтобы сдержать чуму, в то время как Микелетто влюблен, пораженный красивым молодым Паскалем. Лукреция, понимая, что политический ветер изменился в сторону Франции и распространился далеко за пределы Неаполя, ищет неаполитанскую политическую поддержку для себя и своей семьи. Есть два кандидата, чтобы заменить Фердинанда в качестве короля: высокомерный и враждебный принц Рафаэль и добрый и дружелюбный принц Фредериго. Когда Фредериго отравлен и почти умирает, Лукреция находит «доказательства» вины Рафаэля и принуждает последнего отказаться от его претензий. Ее союзник, Фредериго, становится коронованным королем. Но сделала ли она правильный выбор?

На празднование юбилейного года паломники заполняют Рим, и Копье Лонгина является центральным элементом шоу. Однако у Катерины Сфорца есть план, чтобы сорвать прибыльный фестиваль Александра. Когда в Кефалонии еврейский член общины Маттеи уничтожает турецкий флот, Александр высказывает свою благодарность, освобождая общину от налогов. Тем временем Лукреция чувствует изменения в недавно коронованном Фредериго и понимает, что она находится под постоянным надзором королевской гвардии. Борджиа угодили в ловушку: Лукреция узнает, что Фредериго фальсифицировал свою близкую смерть, чтобы избавиться от Рафаэля, в то время как в Риме Чезаре и Микелетто обнаруживают, что возлюбленный последнего, Паскаль, — шпион, работающий на Руфио, сообщая все Катерине Сфорца и королю Неаполя Фредериго. Лукреция не чтимая принцесса Неаполя, стала заложницей против любых военных шагов против семьи Сфорца.

Опустошенный предательством Паскаля, Микелетто убивает своего возлюбленного, а затем исчезает. Опечаленный потерей своего верного лейтенанта, Чезаре мчится в Неаполь, чтобы спасти Лукрецию, но она при помощи сонного зелья уже сбежала от своих похитителей. Брат и сестра воссоединились на обратном пути в Рим, и так обрадовались друг другу, что Альфонсо начинает подозревать, что их отношения, кажется, выходят за рамки отношений между братом и сестрой. Вернувшись в Рим, Альфонсо становится угрюмым, оскорбительным, сильно пьет. Александр тем временем вместе с новым другом Маттеи придумал другой план: они разработали схему по монополизации рынка итальянской серы, тем самым лишив всех возможности изготавливать порох. Однако Александр не доверяет Чезаре, который быстро раскрывает заговор отца, но именно Маттеи убеждает отца и сына помириться.