Показаны две реальности. В первой, рейс 815 приземляется в аэропорту Лос-Анджелеса, где Кейт сбегает от маршала, а Джек узнаёт, что гроб с телом его отца потеряли при перевозке. Во второй, выжившие возвращаются в наши дни после убийства Джейкоба; Джульет умирает, а Саид оживает в храме Других. Человек в чёрном, принявший облик Локка, оказывается дымовым монстром и убивает нескольких человек из команды Иланы.
Показаны две реальности. В первой, рейс 815 приземляется в аэропорту Лос-Анджелеса, где Кейт сбегает от маршала, а Джек узнаёт, что гроб с телом его отца потеряли при перевозке. Во второй, выжившие возвращаются в наши дни после убийства Джейкоба; Джульет умирает, а Саид оживает в храме Других. Человек в чёрном, принявший облик Локка, оказывается дымовым монстром и убивает нескольких человек из команды Иланы.
Сойер уходит из храма, а Кейт пытается догнать его. Другие пытаются отравить Саида, а Джек мешает им. Джин идет искать Сун, но находит Клер, которая спасает его от Других. В альтернативной реальности Кейт помогает Клер.
Дымовой монстр в облике Локка пытается убедить Сойера покинуть Остров. Сун настаивает, что настоящего Локка нужно похоронить. В альтернативной реальности Локка увольняют, и он становится учителем на замену.
Джейкоб направляет Хёрли и Джека к Маяку, чтобы встретить новых гостей на острове. Клер привела Джина к себе в хижину. В альтернативной реальности нам показывают отношения между Джеком и его сыном.
После привлечения Саида на свою сторону Человек в чёрном выдвигает ультиматум Другим: либо они присоединятся к нему, либо погибнут. Тем временем, Кейт встречается с Клер. Во флешсайдах, Саид помогает своему брату, попавшему в долговую яму.
Бенджамин находит Илану и остальных, присоединяясь к ним. Но благодаря Майлзу они узнают, что Бен убил Джейкоба. Илана заставляет Бена копать самому себе могилу. Позже является Враг Джейкоба и пытается привлечь Бена на свою сторону, но Бен остается с Иланой и другими. В альтернативной реальности мы видим Бена-учителя и его попытки занять место директора школы.
Человек в чёрном посылает Сойера с заданием на второй остров, где тот обнаруживает вернувшегося на остров Чарльза Уидмора. В альтернативной реальности Сойер продолжает поиски убийцы своих родителей, но уже в другом качестве.
Серия раскрывает тайну попадания Ричарда на Остров: в 1867 году он прибывает на корабле «Чёрная скала», будучи рабом. Он становится представителем Джейкоба в обмен на бессмертие. В наши дни, его убеждают помочь кандидатам на место Джейкоба.
В альтернативной реальности по прилёту в Лос-Анжелес Джин и Сун останавливаются в отеле, где Джин должен был передать Кимми часы и конфискованные на таможне деньги. Кимми собирался убить Джина, но в ситуацию вмешивается Саид. На Острове Ричард после беседы со своей покойной женой полный оптимизма возвращается на пляж. Из лагеря дымового монстра люди Уидмора похищают Джина, а отправленный дымовым монстром на остров Гидра Саид видит, что люди Уидмора привезли на остров Дезмонда.
На Острове Уидмор помещает Дезмонда в сильное магнитное поле и его сознание перемещается в альтернативную реальность, где он начинает вспоминать события, произошедшие на Острове.
В альтернативной реальности встречаются Хёрли и Либби, которые также вспоминают события, произошедшие на Острове. На Острове погибает Илана, а Хьюго, ведомый советами покойного Майкла советует всем отправиться к дымовому монстру.
На Острове дымовой монстр готовится отправиться со всеми остальными на остров Гидра, но Сойер ломает его планы. В альтернативной реальности продолжают пересекаться судьбы главных героев.
Человек в Чёрном продолжает следовать своему плану — собрать всех Кандидатов вместе, но Джек по прежнему хочет остаться на Острове. ЛжеЛокк пытается уничтожить всех кандидатов, ведь только так он сможет уйти с острова. В альтернативной реальности Джек пытается выяснить, почему Локк не хочет делать операцию.
Серия отсылает нас к истории появления Джейкоба и его брата (Человека в Чёрном) на Острове. Показана их жизнь в детские годы, смерть их названой матери и брата Джейкоба. Также серия пытается дать ответ на причину появления на Острове Дымового Монстра.
В Альтернативной реальности Дезмонд продолжает собирать главных героев. На Острове Джейкоб ставит себе на замену Джека, а Бен убивает Чарльза Уидмора. Предполагалось, что эта серия станет первой частью финала сезона, но по утверждениям продюсеров сериала, это не так.
Двухчасовая заключительная серия, последняя в шестом сезоне и во всём сериале. На Острове Дезмонд спускается в пещеру со Светом и «выключает» его. Как следствие, ЛжеЛокк становится смертным и перед тем, как Кейт его убивает он смертельно ранит Джека. Не смотря на это у Джека хватило сил сделать Хёрли новым хранителем Острова, снова зажечь Свет и спасти Дезмонда. Сойер, Кейт, Клер, Ричард, Майлз и Лапидус улетают с Острова на самолёте Ajira Airways. В Альтернативной Реальности, которая по сути стала Чистилищем, перед тем как «уйти дальше» встречаются все главные герои и вспоминают жизнь на Острове. Сериал заканчивается триумфальной смертью Джека посреди бамбуковой рощи. Последним кадром стал закрытый глаз Джека. Затемнение. LOST.
Двенадцатиминутный эпилог сериала, в котором рассказывается от том, как Бен, по поручению нового лидера Хёрли, покидает остров, чтобы посетить склад Dharma Initiative на Гуаме и лечебницу Санта Роза в Лос-Анджелесе, где находится Уолт.