Агент ФБР Оливия Данэм расследует гибель всех пассажиров авиарейса следующего из Гамбурга в Бостон. В ходе расследования ранен её напарник Джон Скотт, каким-то странным ранением, с которым никто из врачей не сталкивались. В отчаянии Оливия понимает, что ей может помочь доктор Уолтер Бишоп, которого считали безумным учёным и теперь он находится в психиатрической лечебнице. Поговорить с ним можно только при участии одного из его родственников, но у него их не осталось, кроме его единственного сына Питера. Питер оказался преступником, который сейчас в розыске, но несмотря на это Оливия уговаривает его. Уолтера выписывает сын. После Уолтер требует свою бывшую лабораторию и корову. Помощница Оливии Острид привозит корову. Наконец Уолтер соглашается помочь. Оливия продолжает расследование и знакомится с Ниной Шарп, влиятельным руководителем корпорации «Мэссив Дайнемик». Оливия, Питер и доктор Бишоп вместе начнут раскрывать тайну рейса 627. Они соединяют разум Оливии и Джона Скотта, чтобы узнать виновника рейса 627, который и ранил Джона Скотта. Но позже Оливия узнает, что Джон оказался предателем и убил виновника гибели рейса 627. Джон сделает попытку сбежать. Оливия пускается в погоню. Джон Скотт попадает в аварию и погибает. Оливия, Питер и доктор Бишоп сделают первый шаг на пути к осознанию истины, которая находится за гранью нашего понимания.
Оливия, Питер и Уолтер Бишоп расследуют необычную гибель женщины, которая родила ещё более необычного ребёнка. Женщина была беременна менее часа, однако новорожденный был доношен и более того — постарел на 80 лет в считанные минуты. Позже группа обнаруживает то же самое ещё раз. Оливия говорит, что ещё до этого она вместе с Джоном пыталась поймать серийного убийцу, который и является виновником в этих происшествиях. Питер и Уолтер решают, что нужно смотреть изображение в клетчатке глаза у той женщины, но для этого нужен специальный прибор. За этим прибором Оливия обращается за помощью к Нине Шарп из «Мэссив Дайнемик». Уолтер неожиданно вспоминает где он оставил свою машину 17 лет назад. Серийного убийцу поймает Оливия, но тот стареет прямо у неё на глазах. Расследование заканчивается и Уолтер после того как Питер ушёл, начинает говорить Оливии, что когда-то с Питером был клинический случай, но передумает и не договаривает. Ночью Уолтер начинает говорить какие-то числа.
Рой утверждает, что получает видения от Бога. В одном из своих видений он видит странный случай с пассажирами автобуса. Кто-то выпустил неизвестный газ, который как-то реагирует с азотом воздуха и превращается в твердый материал вместе с пассажирами. Теперь команда должна найти ответственного за случай в автобусе при помощи видений Роя. Сможет ли Доктор Бишоп извлечь видения, не убивая Роя? И всё-таки команда смогла выполнить задачу. Позже Бройлз передаёт странный газ Нине Шарп.
Группа исследует странный цилиндр, найденный после взрыва на стройплощадке в Нью-Йорке. Оливия обнаруживает связь между загадочными происшествиями. Начиная с рейса 627 до цилиндра всё время незаметно появлялся странный человек, на которого Оливия не обратила внимание раньше. Он был лысым и без бровей. Бройлс называет его наблюдателем, потому что он никогда не вмешивается, а только наблюдает за странными явлениями. Исследуя цилиндр, Уолтер сталкивается чем-то ранее знакомым. Он взял цилиндр и спрятал его. Там он встречает того самого наблюдателя. Позже Уолтера поймают за то, что он украл цилиндр, но отпускают. Позже Уолтер рассказывает Питеру о наблюдателе, который наблюдает необъяснимые явления. Также рассказывает о том, как он и Питер чуть не утонули в воде, и что их тогда спас наблюдатель.
Происходят опасные и смертельные случаи, когда у довольно простого человека обнаруживается способность управлять электричеством. Наше трио начинает расследование этого необыкновенного инцидента. Параллельно с расследованием у Оливии происходит ещё более шокирующая встреча, а доктор Бишоп прибегает к помощи почтовых голубей.
После того, как несколько недель назад было объявлено о том, что женщина пропала без вести, она появляется с редкой болезнью в пригороде Массачусетса и по непонятным причинам вызывает мучительную боль и последующую смерть у тех, с кем она сталкивается. В ходе расследования этого события у женщины обнаруживается опасный уровень радиации, а также необычные обстоятельства, окружающие этот случай, указывающие на незаконные испытания лекарственных препаратов на человеке и, возможно, кое-что ещё более зловещее. Тем временем, Уолтера преследуют мысли о сахарной вате, а Питер заключает сделку с Ниной Шарп и открывается потрясающая часть прошлого Оливии.
Агента ФБР при смерти, доставляют в больницу, где обнаруживается, что его сердце обвивает какой-то загадочный организм. Агент ФБР был Митчелом Лоебом. Доктор Бишоп уверяет, что это своего рода генетически паразит, созданный чтобы полностью поглотить сердце человека. Оливия отправляется в тюрьму, находящуюся в Германии, так как там находится человек способный помочь избавить умирающего агента от паразита. Этим человеком оказался Джонс. Он обещает, что поможет с паразитом, но он хочет узнать где живёт некий джентельмен. Ответ может дать Джозеф Смит, но к этому времени он был мёртв. Так как Бройлс посчитал его за шпиона. Но Уолтера это мало волновало. Он решает, что минимальная функция организма поможет, в качестве подопытного он использует Питера. Ответом оказался Литтл Хилл, которому Джонс был доволен и помог со средствами против паразита. Но в конце оказывается, что настоящим шпионом был только что спасённый агент и слова произнесённые Джозефом Смитом были ценными для него.
Женщина, которая вот уже десять лет считается погибшей, с помощью мерцания зеленых и красных огоньков похищает маленького мальчика — музыкального гения. Оливия и компания выясняют, что женщину зовут Джоанна Оуслер, и она замешена ещё в десятках подобных случаев. В это время, доктор Бишоп вспоминает, что бывший сосед по лечебнице рассказывал что-то подобное, и Уолтер решается вернуться в Сайнт-Клер, чтобы выяснить подробности. Но там ожидает их сюрприз. Из-за того что Уолтер требовал от бывшего соседа информацию его закрывают снова. На этот раз Питер начинает беспокоится о нём, и ему снова придётся выписывать его. К этому времени Уолтер узнает, куда похитили музыкального гения. Туда отправляются Чарли и Оливия. Они находят мальчика, но похитителю удаются скрыться. Она приносит результаты к Митчелу, герою из предыдущей серии. Результаты помогают ему заставить некое устройство работать.
Один из сотрудников «Мэссив Дайнемик» выпрыгивает из окна, увидев галлюцинацию о нападении бабочек. В расследовании Оливии помогает агент Скотт, но доведенная до отчаяния Оливия решается раз и навсегда удалить Скотта из своего сознания. А тем временем, прежняя подруга и старые враги Питера узнают, что он вернулся в Бостон. Такое решение Оливии заставляет её вернутся в бак. После того что она увидела подозрение переключается в «Мэссив Дайнемик», но свидетель оказывается убитым. И они решает подозрение от этой компании.
Расследуя серию грабежей банков, Оливия, Уолтер и Питер обнаруживают одного из подозреваемых оказавшимся в стене хранилища. Уолтер вычисляет, что воры с помощью неизвестных технологий нашли способ бросить вызов законам физики, и то что они украли хорошо ему знакомо. По мере того, как продвигается расследование, загадки становятся все запутаннее, а кульминацией становится похищение одного из троицы.