Главный герой Йонас — успешный бегун, который готовится к олимпийскому марафону. Йонас работает поваром и вскоре собирается жить вместе со своей любимой девушкой Симон. Но тяжелое травматичное детство не дает Йонасу спокойно наслаждаться жизнью. Бегун не может смириться с самоубийством любимого брата. Постепенно злость и отчаяние заполняют его и выплескиваются наружу.
«Полночный бегун» — швейцарская драма о спортсмене, ведущем двойную жизнь. Сюжет фильма основан на реальной истории швейцарского бегуна Миши Эбнера, обвиняемого в убийстве.