Действие фильма начинается в маленьком приморском городке, когда два закадычных друга-школьника Федька и Вовка знакомятся с бывалым полярником Павлом Ивановичем. Рассказы Павла Ивановича об экспедициях на Антарктиду настолько заинтересовали ребят, что они решили в будущем стать полярниками. И сдержали свое слово. Спустя несколько лет в поселке Мирный в Антарктиде состоится знаковая встреча двух старых друзей-полярников Владимира Сазонова и Федора Бойко. «Над нами Южный крест» — фильм о мечте двух мальчишек, воплотившейся в жизнь.