Биографический фильм, рассказывающий о юности святого Франциска Ассизского, одного из самых почитаемых католических святых. Средневековый монах проповедовал идеи равенства и братства и полагал, что люди должны отказаться от материальных благ ради духовного самосовершенствования. Наивный и страстный Франциск вступил в конфликт с догматами католической церкви и самим Римским Папой. Впоследствии юноша основал собственное учение — францисканство. Фильм «Брат Солнце, сестра Луна» пытается провести параллели между идеями Франциска и движения хиппи 1960-70х годов. Юный монах бунтует против системы власти, развращающей людей лицемерными проповедями.