Полнометражный мультфильм основан на оригинальном сериале 1995 года. Основу сюжета составляет противостояние людей и злобных роботов. События развиваются в не очень далеком будущем. На Землю обрушилась страшная катастрофа, названная «Вторым Ударом», и погубила большую часть человечества. Долгие годы ушли на восстановление, но привычная мирная жизнь ушла безвозвратно – землян то и дело атакуют загадочные Ангелы. Смелый подросток Икари Синдзи получает от отца – секретного главнокомандующего – приглашение в скрытый от людских глаз город. От Синдзи требуется, чтобы он немедленно приступил к пилотированию «умного» робота Евангелиона. Мальчишка боится, но соглашается…