Недалекое будущее. После того, как на Землю упал метеорит, люди начали умирать странной смертью — падать на месте без видимой причины. Вскоре стало ясно, что виноваты в этом оказываются космические монстры-фантомы, оказавшиеся на Земле вместе с метеоритом. Остатки человечества срочно эвакуируются на орбиту, размышляя над тем, как противостоять чудовищам. Люди разрабатывают биотехнологии, основанные на энергии духа, с помощью которых им удается оживить некоторые районы Нью-Йорка, Лондона, Парижа и Москвы. Местности закрываются энергетическими щитами, сдерживающими фантомов. Но главным оружием человечества становится сама планета. По мнению некоторых исследователей она обладает собственной душой, обогащая все остальные души своим опытом. Последняя фантазия"стала первой анимационной картиной с изображением, близким к фотореалистичному.