В конце Ледникового периода, Машины пришли из космоса и пытались превратить людей в мутантов. Но герой смог противостоять им и с помощью устройства остановил и запечатал их. В 2707 году истощенным миром правят четыре корпорации: Мисима, Баухауз, Капитолий и Империал, которые находятся постоянно в состоянии войны между друг другом. Во время битвы между Капитолием и Баухауз печать была разрушена, Машины вновь заработали, превращая солдат и обычных граждан в мутантов. Небольшая часть населения спаслась, сбежав на Марс. Самуэль — лидер древнего братства, верит в Бога и Хроники — библию о мутантах. Когда мутанты осаждают город, Самуэль обращается к лидеру Корпорации Константину, с просьбой выделить ему 12 человек для миссии по уничтожению Машин. Теперь эта небольшая группа людей — последняя надежда Земли.