Реджеп-паша и Гафур-паша обыскивают затерянный монастырь, в котором укрывались Алеха и Анна, но не находят беглецов. Федор Иоаннович умирает. Московский Патриарх передает Годунову грамоту, написанную царем перед своей кончиной. Годунов показывает ее боярам и занимает трон. Тем временем Алехе и Анне удается навести преследователей на ложный след. Гафур-паша вынужден вернуться в Стамбул ни с чем. Разгневанный султан Мехмед приказывает визирю Мураду готовиться к вооруженному конфликту с Русью…