Спустя несколько месяцев после возвращения Оптимуса Прайма мирную жизнь Города автоботов прерывает внезапное массированное нападение десептиконов. Пока идёт сражение, лазутчики Гальватрона похищают ключ от камеры с плазменной энергией, спрятанной в недрах Кибертрона. Автоботам удаётся помешать десептиконам открыть камеру и забрать ключ, но при этом происходит мощнейший выброс энергии. В результате шаттл автоботов забрасывает далеко в космическое пространство. Гальватрон посылает команду десептиконов во главе с Циклоном и Кнутом в погоню за автоботами. Корабль автоботов совершил аварийную посадку на планете Небьюлон, где люди враждуют с машинами и подняли восстание против них. Повстанцы берут автоботов в плен и собираются прикончить их, но появление десептиконов вынуждает их пересмотреть своё решение. Вместе небьюлонцы и автоботы отбивают вражескую атаку. Гурт, один из вождей повстанцев, предлагает автоботам объединиться с небьюлонцами, и те принимают предложение. Автоботу Фантазёру предоставляется удобный случай воплотить в жизнь свою задумку — новую технологию трансформации, позволяющую сочетать разум человека с силой трансформера. Работа начинается...
В результате реконструкции, выполненной Спайком Уитвики по проекту Фантазёра, пятеро автоботов становятся Властоголовами, получив возможность образовывать одно целое с людьми-операторами, сидящими в их головах. В первом же бою Властоголовы демонстрируют своё превосходство, не только разрушив небьюлонские машины, но и обратив в бегство десептиконов. Но те, неожиданно для себя, находят сторонника в лице верховного правителя Небьюлона, Лорда Зарака: изучив и усовершенствовав идею Фантазёра, он заключает сделку с десептиконами, и среди них появляются свои Властоголовы. Зарак идёт даже дальше и делает нескольких десептиконов Властооружцами, дав им оружие, управляемое людьми. Автоботы, в свою очередь, конструируют собственных Властооружцев и готовятся к битве. Тем временем на Кибертроне Оптимус Прайм получает от Альфа Триона информацию о местонахождении ключа от камеры с плазменной энергией. Он немедленно вылетает на Небьюлон и прибывает как раз к началу ожесточённой схватки между автоботами и десептиконами. Но в тот самый момент, когда автоботы, как им кажется, одержали окончательную победу, из-под земли появляется нечто грандиозное и ужасающее — новейшее изобретение Зарака, гигантский трансформер Скорпоног!..
Вернув с помощью Скорпонога Ключ, десептиконы отправляются назад на Кибертрон. Автоботы во главе с Оптимусом Праймом преследуют их. На Небьюлоне остаются только Спайк и раненый автобот Церебро́с, которого он перестраивает в Крепыша Максимуса — титаническую боевую машину, равную по силе Скорпоногу. На Кибертроне прибытие Скорпонога решает исход битвы и даёт Гальватрону возможность сломить сопротивление сил обороны. Получив Ключ, он может, наконец, реализовать свой замысел — превратить земное Солнце в сверхновую звезду, самый мощный источник энергии. Когда Кибертрон, переделанный Гальватроном в громадную космическую ракету, приближается к Земле, вождь десептиконов открывает камеру с плазменной энергией и готовится покинуть планету, но появление автоботов вынуждает его задержаться и принять бой. Сражение заканчивается неожиданно — плазменная энергия, вырвавшись из камеры, отбрасывает Скорпонога, вместе с Гальватроном и другими десептиконами, в глубины космоса, выводит из строя всех роботов, оставшихся на планете и грозит уничтожить всю Вселенную. Но Спайку и небьюлонцам удаётся закрыть камеру и перенастроить Сигма Компьютер на поглощение избыточного излучения. Равновесие восстанавливается, Кибертрон и его обитатели возрождаются к жизни. На родине трансформеров наступает новый «золотой век» мира, всеобщего братства и добра.