Днем крокодил Гена работает в зоопарке крокодилом, а вечером возвращается домой, где играет сам с собой в шахматы. Устав от одиночества, он решает найти друзей с помощью объявлений, которые расклеивает по городу. Первыми по объявлению приходят девочка Галя с бездомным щенком Тобиком. Затем Гена знакомится с неведомым науке зверьком Чебурашкой, который приехал в город в коробке с апельсинами. Герои вместе берутся построить «Домик друзей» — место, где можно находить новых товарищей.
Чебурашка дарит Гене на день рождения игрушечный вертолет и улетает на нем на большое расстояние. Там Гена и Чебурашка видят пионеров и просят принять их в отряд. Но оказывается, что друзья не умеют ни маршировать, ни разводить костер, ни мастерить скворечники. Когда им удается построить детскую площадку и собрать много металлолома, пионеры принимают их в свои ряды.
Крокодил Гена и Чебурашка собираются на поезде в Ялту, но старуха Шапокляк крадет их деньги и билеты. Друзей высаживают на первой станции в 200 км от Москвы, и им приходится пешком идти домой. По пути они находят способ проучить туристов-браконьеров и спасти подмосковные леса и реки от токсичных отходов с местной фабрики.
Крокодил Гена возвращается из отпуска в Москву, но в аэропорту его никто не встречает. Оказывается, что Чебурашка, получивший телеграмму о прибытии друга, не смог ее прочитать, потому что не умеет. Гена решает отправить Чебурашку в школу, но герои сталкиваются с множеством проблем и препятствий. Устранить их, как ни странно, помогает старуха Шапокляк, которая тоже хочет в школу.