Черепашки мутанты ниндзя, 3-й сезон

Император Алистер из Малакурии прибывает в США с образцом Малакуриан 19, Крэнг понимает что это способ подачи питания на Технодром, который имеет постоянные нарушения энергоснабжения. Чтобы отпраздновать отношения между Малакурией и США, император принимает бал-маскарад в Нью-Йорке, но его дочь Мэллори пробирается за ночь в город. Эйприл принимают за принцессу Мэллори, на маскараде также появляется Шреддер, Бибоп и Рокстеди, которые планирует похитить принцессу Мэллори, чтобы получить Малакуриан 19.

Робот воин, известный как мобильный бронированный компьютеризированный боец, перемешается от 400 лет из будущего в 20-е века в Нью-Йорк. Он дружит с черепахами, но Шреддер и Крэнг ищут его, чтобы переманить на свою сторону, при помощи перепрограммирования.

Шреддер получает во владение древний меч ниндзя, который создан из металла космического происхождения, что позволяет проходить сквозь измерения.

Крэнг и Шреддер придумали план, чтобы избавиться от черепах из канализации, город затоплен водой из океана.

Обеспокоенный тем, что Шреддер скоро выиграет, Леонардо сомневаясь в своём руководстве, принимает решение уйти на некоторое время. Между тем, Крэнг и Шреддер забирают солнечную энергию от солнца для двойной цели питания Технодрома и для создания на Земле ледникового периода. Без Леонардо, три других черепахи попытаются сорвать Шреддеру планы, принимая решения по очереди как лидеры, но каждый понимает, что они должны преодолеть свои собственные недостатки, такие как: Рафаэль не может принять решение, Микеланджело становится все более серьезным, а Донателло необходимо все анализировать даже самые очевидные факты.

Шишка на голове Леонардо, заставляет его думать, что он находится в семнадцатом веке во Франции, а его товарищи мушкетеры.

Шреддер перепрограммирует новый суперкомпьютер для сбора городского мусора, чтобы собрать черепах. Но когда Шреддер не устанавливает определение черепах ниндзя, суперкомпьютер собирает черепах всех видов! Черепахи из города любой формы и размера не являются безопасными для Шреддера.

Шреддер считает, что он Микеланджело после компьютерного сбоя.

Инопланетяне похитили Донателло и Рокстеди.

Визит на землю пришельца с фотокамерой приводит к хаосу. Шреддер и Эйприл попадают во внутрь камеры иностранца, потому что она делает больше, чем просто снимки.

Шреддер и Крэнг изобретают любовный напиток, который заставляет Леонардо, Рафаэля и Микеланджело влюбится в Ирму, а Рокстеди в Эйприл. Донателло создает антидот.

Бакстер Стокман возвращается, чтобы отомстить черепашкам и Шреддеру. В это время наши герои пытаются остановить план Шреддера, выкачать воду из подземного резервуара.

Нетерпеливый паренек вызывает переполох в городе, в то время как Шреддер и Крэнг берут под контроль все машины в городе. Может быть, этот новый "герой" может помочь черепашкам.

При аварии поездов, смешиваются два компонента из разных поездов и получается мутаген, из лужи с мутагеном пьют два быка. В результате получается мутагеновый монстр.

Корпорация «Чернила осьминога» похищают работников других корпораций. Кейси Джонс помогает черепахам раскрыть, кто стоит за новой волной корпоративной преступности.