Гражданская война в России. В небольшом городке Ревске у бабушки с дедушкой гостит их внук, школьник из Москвы Миша Поляков. Ему и его другу Генке Петрову попадает в руки старинный кортик, принадлежавший офицеру с линкора «Императрица Мария». С кортиком связана какая-то тайна — его ищет бывший офицер с погибшего линкора — белогвардеец, а ныне главарь банды, Валерий Сигизмундович Никитский. Мишин друг — командир Красной Армии Полевой — пытается во что бы то ни стало сберечь кортик, в чём Миша ему и помогает. Миша и Генка едут в Москву.
Прошёл ровно год после событий, описанных в первой части. Миша, Генка и их друг, юный пианист Слава, собираются выследить Филина, человека, которого остерегался Полевой. Сначала ребятам удаётся испугать Филина и его таинственного товарища. Во время второй слежки они встречаются с беспризорником Мишей Коровиным. Коровин принимает участие в слежке за Филиным и его напарником. Он похищает ножны для кортика у Борьки-Жилы, сына Филина.
Миша и Генка переходят в 7 класс, где знакомятся с учителем искусств Борисом Федотовичем Романенко (сокращённо — БарФед) и посвящают его в свои тайны. Учителю удаётся разгадать знаки, выбитые на кортике и ножнах. В них зашифровано странное послание о змее и часах. Загадка змеи решилась довольно быстро. Остается найти часы и сокровища, которые они таят… Неожиданно в дело вступает таинственный подельник Филина. Но есть и хорошая новость: с войны возвратился командир Полевой. Вместе с Мишей и Генкой они дают последний бой бандитам.