Шон Уокер оказывается вовлечен в правительственный заговор, когда похищают его девушку Лейлу. Тем временем президент США планирует закрыть сверхсекретный центр у горы Иностранка на Аляске, в котором удерживаются представители инопланетной расы. Перед началом пресс-конференции, на которой президент собирался рассказать об инопланетянах, на него совершается покушение — кто-то попытался врезаться на угнанном «Боинге» в его резиденцию. Но в последний момент самолёт испарился в воздухе.
Пропавший «Боинг» появился над Аризонской пустыней, где совершил экстренную посадку. Все пассажиры, включая персонал самолёта, сумели благополучно пережить приземление. Но сразу после приземления там появились вертолёты с неизвестными людьми. Майкл уговаривает Шона убежать. Пройдя некоторое расстояние по пустыне, Шон получает солнечный удар и теряет сознание. Он приходит в себя в госпитале Юмы. Вскоре там появляются агенты ФБР и задерживают его по обвинению в убийстве. Тем временем президент Мартинес передумывает выпускать инопланетян на волю, так как узнает, что в 1944 году были пойманы не все инопланетяне. Некоторые из них сумели сбежать и теперь планируют освободить остальных, используя свои продвинутые технологии. Когда правительственные агенты находят упавший «Боинг», они обнаруживают, что все пассажиры мертвы.
Шон пытается рассказать правду агентам ФБР, но те ему не верят. Их машина попадает в аварию, и Шону удаётся снять наручники. Он вытаскивает агента Кольер из горящей машины и отвозит в отель, где делает ей перевязку раны, полученной в результате аварии. Шону удаётся убедить её в правдивости своей истории, и она соглашается ему помочь. Тем временем спецслужбы делают всё возможное, чтобы скрыть следы произошедшего с «Боингом» и его пассажирами. Но неожиданно все пассажиры, которые считались умершими, оживают.
Шон и агент Кольер сбегают из полицейского участка в Юме. Они отправляются на поиски Лейлы, которые приводят их в Техас, где они находят мать Викки Робертс. Стирлинг допрашивает Майкла о людях, которые похитили его семью и заставили совершить покушение на президента. Загадочный человек по имени Томас звонит президенту, чтобы договориться об обмене пришельцев на лекарство, которое спасет жизни тех, кто был в самолете. Лейла сбегает от своих похитителей и звонит Шону из полицейского участка. Однако это всё оказывается хитроумным планом Викки, чтобы заманить Шона в ловушку.
Президент Мартинес выдвигает Томасу ультиматум. Он угрожает убить всех заключенных пришельцев, если Томас не отдаст лекарство. Томас колеблется, но в конечном итоге соглашается обменять лекарство на лидера пришельцев — Софию. Тем временем Шону удается шантажом заставить Вики помочь спасти Лейлу.
Следуя соглашению, президент Мартинес отпускает Софию, но устанавливает за ней слежение. Однако благодаря помощи Ли, агента под прикрытием, ей удается сбежать. Тем временем Шон рассказывает Лейле, что случилось с её семьей. Вместе они отправляются к ним домой, чтобы найти какие-нибудь улики. Там они случайно встречаются с бывшей журналисткой, которая рассказывает им про правительственный заговор.
Становится известно, что Томас — это сын Софии. Он просит у неё прощение за то, что не справился с задачей, которую она перед ним поставила. Тем временем в администрации начинаются поиски крота. Первоначально подозрения падают на агента Ли, но благодаря подкинутым Томасом уликами арестовывают другого. Тем временем Шон и Лейла через друга журналистки узнают, что сестра Лейлы не единственный похищенный ребенок. До неё пропали еще 13 девочек.
Президент Мартинес решает ещё раз поговорить с пилотом самолета. В ходе разговора он узнает, что, вероятно, один из его приближенных имеет отношение к покушению на его жизнь. Проверив звонки своих подчиненных, он понимает, что это вице-президент. Тем временем Шон и Лейла продолжают убегать от своих преследователей, но в ходе погони Шона успевают ранить. Лейла похищает молодого доктора, чтобы он помог Шону.
София и Томас продолжают работать над планом по возвращению домой. Однако Изабель, подруга Томаса, подговаривает его убить свою мать. Оставшись наедине с Софией, Томас наводит на неё пистолет, но не может выстрелить. Тем временем Шон и Лейла решают навестить одну из похищенных девочек, которой удалось сбежать.
Шон и Лейла находят госпиталь, в котором держались похищенные девочки, но когда они проникают на нужный этаж, то никого там не обнаруживают. Просмотрев документацию, они обнаруживают старые фотографии отца Лейлы, на которых он выглядит в точности так же, как сейчас. София говорит Ли, что Томас имеет секретный банковский счёт, с которого тот тратит много денег. Ли соглашается проследить, на что уходят эти деньги. Тем временем разведка США обнаруживает тайную пусковую установку, с которой запускается ракета. Спутник выходит на орбиту и начинает передавать в космос сигнал.