Вот уже несколько месяцев продолжается учеба в школе «Логос», которая полна зловещих тайн и загадок. Наши герои — Андрей, Максим, Вика, Даша и Рома — снова втянуты в расследование. Но на этот раз всё становится серьезнее и опаснее. В лесу в Дашу, Рому и Вику кто-то стреляет. В это же время Максима запирают в бойлерной, где он едва не умирает от жары. На Андрея же неизвестный нападает после урока фехтования. Ребята понимают — это последнее предупреждение
Ребята собираются в часовне с нацистским залом. С ними нет Вики — она больше не хочет рисковать своей жизнью. Галина рассказывает Воронцову, почему она принимала участие в подмене детей в детском доме. В школу возвращается Виктор. Галина узнает всю правду о его болезни. Новая учительница истории Вера пытается завербовать Володю. Андрей с ужасом узнает, кто стоял во главе нацистов. Петр Морозов доказывает Максиму, что Мария не его мать. В школе погибает еще один человек.
Ребята снимают на видео ритуальный зал. Между друзьями вспыхивает ссора из-за связи Андрея и Анны. Максим издевается над Марией, он уверен, что она сумасшедшая аферистка. Петр Морозов продолжает требовать от Марии бумаги, которые украл Толик. Виктору становится плохо на глазах у Анны, она дает Виктору телефон клиники, где ему смогут помочь. Князь рассказывает Володе о своем прошлом и прошлом отца Володи. Ребята находят в подземелье новые улики против «Ингрид».
В операционной срабатывает сигнализация, ребята в панике пытаются выбраться из подземелья, но оказываются в ловушке. В школу приезжает Тамара — новый врач Виктора. Андрей видит у малышей настоящий пистолет, который принадлежит Анне. Володя соглашается работать с Верой. Андрей помогает друзьям выбраться из подземелья. Отец Андрея и Нади — Александр Авдеев — находит свой мобильный телефон и набирает единственный уцелевший в нем номер
Маша хочет наладить отношения с сыном, но он считает ее сумасшедшей — Максим снова поверил Петру Морозову. Володя пытается разузнать, где находится Сергей Крылов и что с ним случилось. Ольшанская не хочет ничего с ним обсуждать, их не должны видеть вместе. Но Володя настойчив, и она кое-что ему рассказывает. Воронцов не может найти пистолет, который прятал на чердаке. Князь тем временем подозревает в убийстве Крылова Володю
У Вики появился поклонник, с которым она проводит все больше времени. Анна передала Володе документы Крылова, которые он просил достать. Новый учитель физкультуры хочет поближе познакомиться с Машей. Петр получил что-то вроде черной метки — приглашение на тайную встречу. В подземелье ребята видят Анну и двух мужчин. Они заглядывают в операционную, где находится гроб с чьим-то телом.
Надя с трудом переживает недавно увиденное. Мите опять приснился сон, который может оказаться вещим. Этот сон снова плохой и снова связан с его отцом. Андрей и Макс возвращаются, чтобы заглянуть в гроб, но в комнате теперь пусто. Брат Анны приезжает в школу, он тоже теперь будет здесь работать. Кажется, Ольшанская не слишком рада, она понимает, что все это не просто так, и к сожалению ее опасения не напрасны.
Анна не хочет больше работать на злодеев, но ей наглядно объясняют, что произойдет, если она перестанет сотрудничать с ними. К Андрею приходит понимание, что Игорь - его брат. Маша и Макс разговаривают о бумагах Петра, Максу становится понятно, что Марии о них известно. Юля, Макс и Рома проникают в кабинет Петра Морозова и находят там дневник покончившей с собой девочки. Из записей они понимают, что не все так просто, как казалось на первый взгляд.
Пётр Морозов делает предложение Елене. Надя и Алиса нашли старые фотографии в кладовке и начали делать из них коллаж. За этим занятием их застала Галина Васильевна и забрала фото — оказывается, они принадлежали ей. На похоронах Сони ребята написали записку тёте девочки и пригласили её на встречу в часовне. Новый агент князя теперь знает, где лежит тело Крылова.
У Виктора завязывается роман с женщиной-доктором, которая его лечит. Андрей и Даша заперты в котельной, Пётр Морозов выпустит их тогда, когда получит обратно дневник эмо-девочки. Но Макс отдает дневник не приемному отцу, а следователю. Виктор узнает, что Петр напрямую связан с похищением его сестры, проектом «близнецы» и судьбой Игоря.