Джо имеет «Оскар» за лучшие спецэффекты к картине «Искатели затерянного ковчега» (1981) наряду с Ричардом Эдлундом, Китом Уэстом и Брюсом Николсоном. Академия фантастических фильмов, фэнтази и фильмов ужасов США номинировала Джо на приз «Сатурн» как лучшего режиссера за картину «Джуманджи» (1995). На международном кинофестивале в Ajijic он получил награду как лучший режиссер за картину «October Sky» (1999). На кинофестивале «Fantasporto» Джонстон номинировался на Гран-при за картины «Дорогая, я уменьшил детей» (1989) и «Повелитель страниц» (1994).