События фильма разворачиваются в Литве в 1941 году. Литовец участвует в бойне против евреев и убивает своего соседа Исаака. Спустя 25 лет литовский режиссер Гедиминас Гутаускас планирует съемки фильма, основанного на этой истории. В его сценарии описаны подробности той бойни, словно он сам был ее свидетелем или участником. Этим фактом заинтересовались люди из КГБ. Последствия убийства еврея Исаака затрагивают жизни нескольких людей и ломают их судьбы.
«Исаак» — литовская историческая драма о неотвратимости расплаты за жестокие преступления.