Действие сериала разворачивается во времена Петровской эпохи, одного из интереснейших периодов российской истории. В центре событий — Иван Александрович Балакирев, реальная историческая личность, дворянин, придворный шут-острослов и доверенный слуга Петра I и Екатерины. Он невольно оказывается вовлеченным в сложные взаимоотношения императрицы с камергером Виллимом Монсом, и вскоре его арестовывают по делу Монса и ссылают в Рогервик.
Мини-сериал «Шут Балакирев» является телеверсией спектакля театра «Ленком» по одноименной пьесе Григория Горина.