Департамент, 1-й сезон

Зеленова назначают временно исполняющим обязанности начальника ОВД. Сашу берут под государственную защиту. Жужукало знакомит Зеленова с Аликом, аналитиком ДСБ. Алик считает, что Антонов манипулировал Зеленовым, навязав ему выгодную для себя версию. Аналитик рассказывает, как связаны депутат Митяев по кличке Митяй, Антонов, покойный Летягин и находящийся в тюрьме Колесников, и за что Митяй был сильно обижен на подельников и пытался их «убрать».

Саша возвращается домой. Во время операции по задержанию берущих взятки сотрудников ДПС, преследуемая Зеленовым и Мишей Шевчуком машина взрывается, и Миша погибает. ДСБ опрашивают всех возможных свидетелей трагедии, и все ниточки ведут к спецбатальону 13 и его командиру Котельнику, который участвует в схеме провоза контрабанды по трассе. Митяй настойчиво предлагает Зеленову помощь, рекомендуя встретиться с одним человеком. Также он даёт Юре ещё одну наводку на лейтенанта Лосёнка, обладающего ценной информацией. Но Лосёнок категорически отказывается «стучать» на своих сослуживцев.

Алик принимает как рабочую версию, что контрабандисты причастны к взрыву машины. Необходимо продолжать разрабатывать 13-й спецбатальон и установить имя человека, заправляющего нелегальным трафиком. Зеленов и его коллеги понимают, что Лосёнок серьезно замешан в схеме провоза контрабанды. Жужукало начинает ухаживать за адвокатом Алёной Ревнивцевой. Выяснив, что на трассе полгода назад сменился «водящий», Алик приходит к выводу, что вся комбинация со взрывчаткой придумана его предшественником...

Ромка, племянник Жужукало, в школе ловит вора мобильных телефонов и избивает его. Отцом вора оказывается некий Гринберг, чей банк занимается отмыванием денег. ДСБшники выходят на Гринберга, но он отказывается сотрудничать, надеясь на защиту одного высокого чина. Зеленов и Жужукало пытаются встретиться с Митяем. Встреча срывается, однако новый начальник охраны Митяя Серго сообщает им, что кто-то их прослушивает и делится информацией с депутатом. Леня Иванов обнаруживает, что прослушивается квартира Жужукало. Саша говорит Зеленову, что у них будет ребёнок.

Гринберг отказывается от всех претензий к племяннику Жужукало и от госзащиты. Зеленов делает Саше предложение. Вскоре он замечает за собой слежку. Алик размышляет над историей генерал-майора Рудзутака, два года назад приехавшего из Иркутска в Москву. Рудзутак, «навёдя порядок» в Иркутской области, в cтолице начал действовать по отработанной схеме. Зеленова неожиданно вызывают к Рудзутаку. Генерал даёт Юрию задание копать под Митяя, обещая майорские погоны.

Старший лейтенант Меря обращается в ДСБ к Жужукало: в Санкт-Петербурге преступников оправдывают в суде, но сразу после этого убивают неизвестные «мстители», инсценируя несчастный случай или самоубийство. Есть подозрение, что «мстители» служат в местном отряде спецназначения под руководством командира Руднева. Зеленов под прикрытием отправляется устраиваться туда на работу. В этом же отряде он встречает своих сослуживцев по Чечне — Ярика и Севку Дашука. Зеленов проводит в ОМСН месяц, завоёвывая доверие начальства. Алик считает, что внедрение Зеленова — шаг крайне опасный для операции и для жизни капитана, что настораживает Жужукало. Новое начальство Зеленова выясняет, способен ли он на убийство.

После выстрела в Поля Руднев хочет убрать Зеленова. Ярик и Дашук обещают вывести Юрия из города, но он убеждает их бежать вместе. Поль рисует портрет стрелявшего в него человека, который совсем не похож на Зеленова. Рудневу это кажется странным. Найдя друзей, Руднев решает разбить их союз. Он отправляет Ярика в Москву навести справки о Зеленове. Алена Ревнивцева неожиданно опознает убийцу своего подзащитного, и теперь она тоже представляет опасность для Руднева.

К Зеленову приходит жена капитана полиции Никиты Сивака с просьбой найти ее пропавшего мужа. Пока Зеленов собирает данные по исчезнувшему оперативнику, его коллега Семен Бахрушев встречается с владельцем торгового павильона Гусейновым, на которого, по его словам, «наехал» ОБЭП с требованием сменить поставщика спиртного. Одновременно Семен пытается задержать двух полицейских, подкинувших наркотики обычному парнишке, и вымогавших у него деньги. Муж сестры Жужукало оказывается в больнице с отравлением метиловым спиртом. Жужукало выясняет, что водку, в которой находился яд, родственник покупал в магазине Гусейнова.

ДСБ занимается проверкой истории с «наездом» ОБЭПа на торговую точку и находит подтверждение словам Гусейнова. Постепенно вскрывается целая схема, по которой работали бандиты. В Подмосковье находится склад конфискованной контрафактной спиртной продукции, которая должна была там же и уничтожаться. Но директор склада наладил сбыт конфиската через некую фирму, а «крышевали» весь бизнес офицеры из отдела милиции, где работал убитый Никита Сивак. ОБЭПовцы решили влезть в бизнес и забрать львиную долю себе. ДСБ планирует захват.

Офицеры ДСБ просматривают запись с диска, принесенного Зеленову Антоновым, которую кто-то уже успел выложить в Интернет. На видео Семён Бахрушев берет деньги у Гусейнова, а Жужукало того же Гусейнова избивает. ДСБ мчатся к Гусейнову. Азербайджанец мертв, а на месте преступления находится невменяемый Бахрушев. Он уверяет, что никого не убивал, а ездил к Гусейнову разобраться. Семена помещают под домашний арест. Сотрудники ДСБ, а более всех Алик, озабочены вопросом: кто и с какой целью поместил это видео в сеть?

Бандиты собираются убить Жужукало и Бахрушева. Поль и его люди в последний момент спасают товарищей, однако никого из бандитов, владеющих информацией, взять не удается. Третий полицейский, к которому ездили Жужукало с Бахрушевым, мёртв. Алик выдвигает новую версию: целью всей операции являются не торговые точки или контрафактный спирт, а нечто более существенное...

Жужукало с Зеленовым разрабатывают полковника, который подозревается в коррупции. Жужукало требует работать быстрее — ему светит повышение. Однако у Зеленова не получается заниматься расследованием с полной отдачей. Одноклассника Ромки, племянника Жужукало, посреди урока арестовывают и увозят в отделение милиции другого города из-за найденных у него наркотиков. А на следующий день паренек погибает. Якобы под колесами грузовика. Ромка этому не верит и начинает собственное расследование. Ему помогают одноклассники Островский и Каношина.

Жужукало и Зеленов вбегают в кабинет к похитившим девушку полицейским и спасают Каношину, которую собирались пытать. Жужукало, дав волю эмоциям, чуть не убивает одного из подонков прямо на месте. Его отстраняют от работы, заводят дело и берут под домашний арест. В это время по всей стране несколько крупных офицеров и чиновников, находящихся в разработке, становятся объектами шантажа и откупаются от вымогателей крупными суммами. Звонят им из мест заключения. Алик восхищен схемой: придумано так, что отследить, кто за этим стоит, практически невозможно. Офицерам неожиданно начинает помогать Степан Колесников...

Жужукало срочно вызывают в богом забытое отделение милиции, где неизвестный, задержанный за драку, повторяет его фамилию. Задержанным оказывается капитан Зотов. Некоторое время назад Алик и Жужукало отправили его в областной центр Жиздра работать под прикрытием. Жиздра — перевалочный пункт наркотиков из Азии в Европу. Там их фасуют, грузят и отправляют в разные концы Европы. Задачей Зотова было сообщить точную дату фасовки. Операцию поддерживают соседи из ФСБ... Зотов, выполняя «грязную» работу, сильно сдал, и теперь, после нервного срыва, врачи отказываются возвращать его в Жиздру. Это ставит под угрозу всю операцию.