После глобальной природной катастрофы 99% населения Земли уничтожено, мир заселяют мутанты, клоны и роботы. На планете остались лишь два государства, которые располагаются на территории бывшей Восточной Европы и ведут между собой бесконечную войну: динамичная анархистская Моника и полицейская тоталитарная Бренна. Эон Флакс — секретный агент из Моники. Ее задача — проникнуть в цитадель Бренны и свергнуть ученого-диктатора Тревора Гудчайлда, с которым ее связывают интимные отношения.