Лето 2020 года. Японию сотрясает серия массивных землетрясений. Одни города охватывают взрывы и пожары, другие постепенно погружаются под воду. Ученые предполагают, что в ближайшее время вся Япония будет затоплена. Страну охватывают хаос и паника. Среди разрушенных зданий и обезумевших сограждан одна обычная семья пытается не терять оптимизм и в целости добраться до безопасного места.
«Затопление Японии 2020» — это первая аниме-адаптация романа «Гибель Дракона» японского писателя Саке Комацу, опубликованного в 1973 году.