В третьем сезоне в группе спящих агентов произошли изменения. После смерти Вавилова руководителем группы стал Краснов. Гуляев узнал, что скоро у него родится ребенок и покинул подразделение. Его место занял новый, а фактически — старый «Страж» Алексей Буйнов — первый подопечный Вавилова. Его подготовка не была доведена до конца, поэтому он иногда ошибался во время операций. Также к группе присоединился и сын покойного генерала Вавилова — Николай Логинов, кадровый полицейский. Он ничего не знал о секретной работе своего отца.
После провала проекта «Октопус» в третьем сезоне детектива враги готовят новый коварный план, чтобы навредить России. Террористическая структура со штаб-квартирой в Лондоне разработала сценарий «Атлантида». Его цель — проведение диверсий. Организация намерена похищать высокопоставленных служащих, которые принимают государственные решения или работают на стратегических объектах. С помощью специальных устройств считывать информацию с их мозга, а полученные данные вживлять с чипами своим агентам, которые внешне похожи на похищенных. Помешать реализации замысла могут только «Стражи», на вооружении которых метод покойного генерала Вавилова. Но полгода назад агентов объявили в розыск, а их куратор генерал Григорьев снят с должности и находится под следствием.
Чтобы противостоять угрозе «Стражам Отчизны» придется выйти из подполья, предотвратить диверсии и биологические катастрофы, спасти похищенных разработчиков секретного оружия. Дистанционным помощником «Стражей» будет их командир Андрей Краснов. Он внедрится в логово врага, используя удивительное сходство с одним из сотрудников «Атлантиды».
