14-летняя Мадока Канамэ живет в самом обычном доме с мамой, папой-домохозяином и маленьким братом. Однажды ночью ей снится темноволосая воительница, сражающаяся с силами зла в каком-то странном мире. Наутро Мадока встречает эту девочку в школе, а вскоре в ее жизни появляется удивительный зверек — магическое существо по имени Кюбей. Он предлагает исполнить любое желание Мадоки, если та станет волшебницей и вступит в битву с гротескными ведьмами. Хомура — новая темноволосая знакомая Мадоки — всеми силами пытается разорвать это соглашение и показать природу происхождения Кюбей.