Главный герой сериала «Город, в котором меня нет» — юноша Сатору Фудзинума. Он обладает способностью перемещаться в прошлое и с помощью этого дара помогает людям, предотвращая различные трагедии. Однажды он находит свою мать мертвой и решает совершить путешествие на 18 лет назад, чтобы узнать, кто стоит за убийством его матери и троих одноклассников.