В новых сериях сотрудники ФСБ приблизятся к разгадке тайны Архитектора, но завершить расследование этого дела не получается из-за отсутствия важной информации, владеть которой мог только герой Антона Васильева Павел Семенов, убитый в финале прошлого сезона.
Генерал Кондратьев (Андрей Коровниченко) возвращается на прежнюю должность, и его конфликт с полковниками Андреем Михайловым (Андрей Гульнев) и Юрием Окунько (Николай Горшков) обретает новый виток. В это время в городе происходит несколько жестоких преступлений, но личность убийцы установить не получается даже несмотря на усилия полицейских и криминальных авторитетов, которые после ухода Алексея Фомина (Дмитрий Паламарчук) так и не смогли разделить сферы влияния. Получив оперативную информацию о местонахождении преступника, Михайлов пытается лично задержать его, но попадает в смертельную ловушку.