Главный герой сериала «Ученый, гуляющий по ночам» — человек недюжинного ума, чья жизнь окутана тайнами. Он никому не позволяет даже приближаться к себе, что порождает множество кривотолков: считают, что он то ли сумасшедший, то ли прокаженный. Есть лишь один человек, которому ученый доверяет, — девушка Ян Сун, потерявшая родителей и братьев из-за того, что те случайно оказались в эпицентре страшных политических событий.