Действие сериала развивается в сложные для страны 90-е годы. Главные герои Семен Засечный, Александр Алексеев и прошедший службу в Афганистане Игорь Скворцов по кличке Скиф — три лучших друга. После службы добровольцами в Сербии они возвращаются домой. Друзья совсем не ожидали такого негостеприимного приема, который им оказали на Родине, — они попадают под бдительное око спецслужб, которые постоянно за ними следят. Жене Скифа поступают угрозы, а вскоре его дочь похищают.
Сериал «Естественный отбор» снят по одноименному роману Александра Звягинцева.