Сериал «Зоопарк в обувной коробке» начинается с того, что на одиннадцатый день рождения девочка по имени Марни получает очень интересный, но безумно таинственный подарок от старьевщика из антикварной лавки, переполненной необычными вещами. После долгих сомнений, она открыла подарок и обнаружила игрушечных животных в обувной коробке.
Именно с этого момента и начинают происходить самые интересные и забавные чудеса. Эти животные ожили и рассказали увлекательную историю о своей жизни, полной необъяснимых тайн. Когда-то они были учениками великого мага, но попытались украсть волшебную книгу Запретных Знаний и были за это наказаны, оказавшись под влиянием страшного заклинания.