Убийство короля Мон Кала сорвало переговоры между Мон Каламари и Куарренами, соседями по подводному миру. Чтобы остановить гражданскую войну, Республика присылает Падме Амидалу и Энакина Скайуокера, но они не знают, что Куаррены уже заручились поддержкой сепаратистов. Теперь джедаи должны защитить нового лидера Мон Кала, молодого Принца Ли-Чар, от нападения.
Анакин Скайуокер и остальная часть его команды джедаев была настигнута внезапными атаками сепаратистов под предводительством Риффа Тэмсона, пока же Принц Ли-Чар и Асока должны избежать плена собственными силами. Не в состоянии вызвать подкрепление Республики, Йода призывает к помощи могущественную армию амфибий — Великую Армию Гунганов, но будет ли этого достаточно, чтобы остановить наступление Сепаратистов — неизвестно. Яростный Тэмсон удваивает свои усилия в поисках Принца Ли-Чара, используя подкрепления данные ему Графом Дуку для штурма океанов.
Войска Республики и Гунганов были захвачены Риффом Тэмсоном и людьми Каркародона. Теперь за дело взялись Асока и молодой Принц Ли-Чар, чтобы объединить расколотые группы народа Мон Кала и выбить сепаратистских захватчиков.
Когда лидер гунганов, босс Лион, был ранен, обнаруживается странное сходство босса и Джа Джа Бинкса. Бинкс должен разубедить свой народ от восстания против Набу и остановить вторжение сепаратистов во главе с генералом Гривусом.
После опустошительных землетрясений, обрушившихся на планету Элин, прибывает подкрепление Республики, в их числе дройды R2-D2 и C-3PO. Когда просьбы жителей Элины оказываются неуслышанными, дройды вынуждены совершить необычайную поездку через подземный мир Элина, дабы спасти планету.
Причудливые приключения Си-3пио и Ардва-Дедва продолжаются. Избегая атаки Сепаратистов, они были вынуждены воспользоваться истребителем класса Y и оказываются в системе Пэтитайс на необычной планете Балнаб и попадают внутрь пиратского корабля, где вынуждены сражаться на гладиаторской арене.
Клоны, под командованием генерала Скайуокера, получили опасное задание на взятие столицы Умбары. Однако, когда обстановка накаляется, Энакин вынужден передать командование операцией джедаю Понг Креллу.
Генерал Крелл требует от капитана Рекса и 501-ого легиона захватить укрепленную умбалорскую авиабазу, и требует только победу. Это почти наверняка — самоубийство, если только клоны не будут использовать свою изобретательность, чтобы одержать верх над очередным врагом.
После захвата республиканскими войсками авиабазы на Умбаре, генерал Крелл требует от Рекса и его людей захватить сильно укрепленную столицу темного мира. Понимая, что есть лучший план, несколько клонов ослушиваются прямого приказа, чтобы выполнить секретную операцию.
Перед казнью двух людей Рекса капитан должен противостоять слишком агрессивному генералу Креллу. Рискуя потерять все, Рекс должен сделать нелегкий выбор, который откроет темную сущность врага.