Звездные войны: Войны клонов, 3-й сезон

Республика узнает о предстоящем сепаратистском нападении на Камино, Анакин и Оби-Ван спешат на планету. После отражения Республикой диверсионных нападений сепаратистов, начинается настоящая атака. Асажж Вентресс, генерал Гривус и армии дроидов поднимаются из океана, стремясь завладеть образцом ДНК и уничтожить производство клонов на Камино. Рекс, Коди, Пятерня и Эхо возглавляют клонов в отчаянной попытке защитить их родную планету.

Сепаратисты начали массированное наступление против планеты Рилот. Блокада из смертоносных линкоров перекрыла любую поддержку для обороняющихся республиканцев. Загнанный в ловушку на поверхности, мастер-джедай Ди сплачивает местные силы с помощью Хана Синдуллы. Отчаянно пытаясь спасти их, Совет джедаев отправляет сенатор Бейла Органу и представителя Джа Джа Бинкса на планету Тайдария, где они хотят убедить нейтрального короля Катунку отправить помощь Рилоту. Бейл и Джа-Джа должны убедить тайдарианцев, что их дело правое — пока не стало слишком поздно. Посланник Торговой федерации Лотт Дод пытается предотвратить поставку помощи от тайдарианцев и требует от них соблюдать нейтралитет. Катунку следует своей совести и тайно помогает Республике, и это Джа Джа, со своим неповторимым умением отвлекаться, старается сохранить втайне от агентов Торговой Федерации.

Чи Икуэй и Че Аманва, дочери председателя Папаноида, похищены с целью получения выкупа. Ахсока Тано объединяется с сенатором от Панторы, Рио Чучи, чтобы помочь новому председателю воссоединить его семью до того, как Торговая Федерация будет чрезмерно влиять на будущее планеты. Председатель и его сын Ион выследили похитителя Гридо на Татуине и спасли Че Аманваe. Между тем, Ахсока и Чучи нашли Чи Икуэй, содержащуюся в плену на борту линкора Торговой Федерации, блокирующего Пантору, и разоблачили офицера Торговой Федерации Сиба Канэй как заговорщика сепаратистов.

Падме отправляется с дипломатической миссией на Мандалор, чтобы гарантировать пацифистской планете полную защиту Республики, но она и герцогиня Сатин вскоре обнаруживают, что что-то зловещее скрывается под безмятежным фасадом планеты. Контрабандист Муган занимается тайными поставками, в том числе и бутылок с чаем, предназначенных для Мандалорских школ. Чтобы увеличить свои прибыли, они разбавили чай опасными химическими веществами.

Асока назначена преподавать уроки мастерства в Академии Лидерства на Мандалоре. Вскоре после того, как она приступает, племянник герцогини Сатин — Корки и его одноклассники раскрывают гнусный заговор. Премьер-министр Алмек оказался активным участником заговора и черного рынка Мандалора, и теперь он пытается избавиться от герцогини Сатин и курсантов, прежде, чем они раскроют всем его причастность к коррупции.

Асока Тано, которой поручено защищать сенатора Падме Амидалу в политической миссии на Альдераане, страдает от повторяющихся видений недавно погибшей наёмницы Аурры Синг. Асока не может очистить своё сознание и беспокоится, что внутренний конфликт добрался и до неё, пока её видения действительно не оказались пророческими. Падме едва избегает смерти, когда Аурра Синг попыталась убить её. Падме и Асока заманивают наемницу в ловушку, и Асока обнаруживает истинного злодея стоящего за заговором с целью убить Падме — заключённого гангстера Зиро Хатта.

В середине рутинной поездки за покупками на Корусант C-3PO похищен наёмником Кадом Бэйном. Бэйн ищет информацию о здании Сената, но C-3PO лишён полезной информации, тогда Бэйн и его сообщники похищают R2-D2 и извлекают важные данные, после чего, стерев у дроидов память о происшествии, позволяют им уйти. Схема этажей и детали безопасности здания Сената нужны семье Хатта, чтобы освободить своего заключённого брата Зиро Хатта, который владеет потенциально опасной информацией о деятельности Хаттов.

Кад Бэйн вытащил Зиро Хатта из тюрьмы, и теперь совет Хаттов требует, чтобы Зиро рассказал, где он спрятал компрометирующую информацию: журнал подробной преступной деятельности пяти семей Хаттов. Зиро совершает ещё один дерзкий побег с помощью его бывшей любовницы Си Снути. Бэйн вернулся на след Хатта, но он не единственный. Джедаям Оби-Ван Кеноби и Куинлан Восу нужно найти его тоже.

Пока в Сенате продолжается обсуждение законопроекта, который позволит устранить правительственный надзор за деятельностью клана банкиров, Падме и Асока втайне отправляются в столицу Конфедерации независимых систем. Падме Амидала пытается достичь мирного соглашения с сепаратистами, а Асока впервые видит народ Конфедерации. Подруга Падме, Мина Бонтери, поддерживает мирную инициативу и убеждает Конгресс сепаратистов просить мира. Между тем, на Корусанте сенаторы Лотт Дод и Гум Саам в сговоре с представителем банковского клана Никсом Кардом и графом Дуку, делают всё, чтобы не допустить заключения мирного соглашения.