Галактика расколота войной. Миролюбивые планеты должны выбрать сторону или столкнуться с угрозой вторжения. Республиканская сепаратистская армия соперничает за лояльность нейтральных планет. Республике необходимо построить базу снабжения в системе планете Тайдарья. Магистр-джедай Йода отправляется на секретные переговоры к отдаленной нейтральной Луне.
Звездный флот клонов находится в осаде после жесткой и неожиданной атаки. Десятки боевых кораблей были уничтожены. Никому не удалось выжить. Появились слухи об ужасном новом оружии сепаратистов. В условиях возрастающего страха совет джедаев отправляет магистра Бло Куна на поиски грозного оружия, пока атака не повторилась.
Неудержимое смертельное оружие — корабль сепаратистов «Зловещий» — приближается к пространству республики, уничтожая все суда на своём пути. После дерзкого спасения из ловушки Эникен Скайуокер готовит секретную атаку на вражеский корабль Дроидов и его жестокого командира генерала Гривуса.
Гривус отступает, отряд республиканцев под предводительством джедая Эникена Скайуокера повредил крейсер «Зловещий» и вывел из строя ионную пушку, чтобы не дать уничтожить внешнюю медбазу клонов. Джедаи ринулись в погоню за «Зловещим».
Армия клонов пополняется новобранцами. Набирающая обороты война во внешних мирах разбросала джедаев по всей галактике. Клоны хотят сражаться бок о бок с джедаями, но война ждать не будет, и новобранцев, не успевших завершить обучение, посылают в бой. Клоны обслуживают сеть станций слежения — единственный барьер, отделяющий республику от захватчиков.
R2-D2 пропал во время жесткого космического сражения. Энакин должен вернуть его до того как Сепаратисты извлекут военные тайны джедаев из банка памяти дроида.
Энакин, Асока и R3-S6 отправляются на новое задание и узнают, что R2 находится на вражеской прослушивающей станции в руках Гривуса.
Джа Джа бинкс — джедай? Так и подумали дройды сепаратистов, когда увидели его в робе джедая. Падме, 3PO и Джа Джа Бинкс отправляются на далекую планету Родию, к старому другу Амидалы с миссией мира.
Асока и Мастер джедай Луминара сопровождают Наместника Нута Ганрея на суд. Но они не знают, что граф Дуку направил своего смертоносного ассасина Асадж Вентресс, чтобы та освободила неймодианца.
Лобный лидер сепаратистов Нут Ганрей сбежал из-под стражи по дороге на Корусант, где ответил бы за военные преступления. С помощью зловещих агентов Графа Дуку, подлый наместник совершил дерзкое бегство. Получив известие о наглом побеге, Магистр джедай Кит Фисто проследил за угнанным кораблём до отдалённой системы, надеясь вновь вернуть Ганрея в руки правосудия.