Действие аниме «Стальная тревога» происходит в мире альтернативного настоящего, история которого расходится с реальной, начиная приблизительно с 1980-х годов. Непосредственно показанные события происходят в начале XXI века. Мир фильма заметно отличается от реального. В условиях огромного количества террористических группировок, стремящихся завладеть оружием массового поражения, всемирная негосударственная организация «Мифрил» старается по возможности охранять носителей «чёрных технологий», не допуская попадания их в руки террористов. Одно из боевых подразделений «Мифрила» — подводная лодка «Туата Де Дананн», под командованием капитана Терезы Тестароссы — шестнадцатилетней девушки, одной из избранных, которая сама спроектировала этот корабль и руководила его постройкой.