Причиной вынужденной посадки самолета президента становится смерть на борту морского офицера. Команда NCIS отправляется в Уичито, чтобы взять следствие в свои руки, но в ходе расследования агенты вынуждены объединиться с ФБР и Секретной службой. Работая со специальным агентом Секретной службы Кейтлин «Кейт» Тодд, команда NCIS должна выяснить, была ли смерть офицера естественной или нет. После окончания расследования Кейтлин Тодд подает в отставку, а Гиббс предлагает ей работать в NCIS.
Во время ночных учений погибает морской пехотинец. На первый взгляд, причиной этому являются изношенные стропы парашюта, но стандартное расследование обнаруживает, что смерть не была несчастным случаем. По ходу следствия Гиббс и Тодд понимают, что дела обстоят не так просто, как это могло показаться вначале. Тем временем Эбби пытается докопаться до сути происходящего, а ДиНоззо решается на прыжок с парашютом, чтобы добиться признания.
Убит один из командующих флота, казалось бы, во время вооруженной разборки наркодилеров. СМИ поспешили связать его личность с незаконным оборотом наркотиков. Гиббс отказывается верить в то, что жертва была замешана в чем-то противозаконном. Пытаясь восстановить доброе имя офицера, агенты спецотдела вмешиваются в борьбу за территорию между двумя соперничающими наркоторговцами и раскрывают план вывести из строя единую высоковольтную сеть. В расследовании команде NCIS помогают Управление по борьбе с наркотиками и специальный агент ФБР Тобиас Форнелл.
Обнаружено тело утонувшего моряка в парадной форме, с церемониальным офицерским мечом и гирями, прикрепленными с помощью цепей к его талии. Кейт отказывается верить в то, что юноша совершил самоубийство, поскольку также, как и она, он происходил из католической семьи. Эбби находит связь между командой корабля и ролевой игрой он-лайн «Бессмертные». Теперь ей предстоит пройти игру от начала до конца, чтобы найти улики и помочь Гиббсу в раскрытии этого дела.
Команда NCIS прибывает на место обнаружения мумифицированного тела лейтенанта, который, как полагают, скрылся почти десять лет тому назад с одним миллионом долларов из фонда ВМС. Подозрение в совершении кражи и последующего убийства падает на двух бывших сослуживцев покойного. Гиббс и Тони работают над расследованием убийства, в то время как Кейт занимается поиском пропавших денег. Эбби использует компьютерную реконструкцию, чтобы выудить признание у подозреваемого.
Один из агентов, работавших раньше под начальством Гиббса, расследует дело о смерти моряка от передозировки наркотиков. Однако он никогда не имел никаких зависимостей. Чтобы разгадать обстоятельства этой странной смерти, агенту понадобится помощь всей команды Морской Полиции.
В бочке с кислотой найден полуразложившийся труп моряка-подводника. Однако сообщений о пропаже моряков ни с одной подводной лодки не поступало. Гиббс считает, что место погибшего занимает сам убийца. Агенты должны выяснить, кто этот самозванец и зачем он проник на подводную лодку.
Возвращаясь из бухты Гуантанамо, неожиданно умирает военный переводчик. Команда Морской Полиции отправляется на Кубу, чтобы разобраться в обстоятельствах этой загадочной смерти.
Вдова моряка получает звонок от своего погибшего мужа. Морская Полиция начинает расследование. Агенты решают эксгумировать тело погибшего мужа, чтобы раскрыть тайну этого загадочного звонка.
Похороненной заживо женщине удается спастись и выбраться из могилы. Но у нее амнезия, и единственное, что она помнит, это то, что на одном из военных кораблей заложена бомба. Команда Морской Полиции пытается установить личность девушки и понимает, что не все на самом деле так, как казалось на первый взгляд.