Чак, 2-й сезон

Рождество проходит не так, как планировалось, когда преступник-дилетант, находящийся в бегах от полиции, врезается в «Купи Больше» и берет Чака, Элли, Девона и остальных покупателей магазина в заложники. Для того чтобы защитить прикрытие Чака и обезопасить других заложников, Сара и Кейси пытаются тайно проникнуть в магазин, чтобы вывести Чака, но миссия проваливается, когда Чак отказывается покидать своих друзей и семью.

Когда Чак становится свидетелем покушения на убийство рок-звезды Тайлера Мартина, Чак, Сара и Кейси должны узнать, кто хочет его смерти. Позже, Тайлер убеждает Чака, оставленного присматривать за ним, выйти в город, что приводит к огромным неприятностям. Между тем, Морган побеждает в конкурсе, где призом являются два билета за кулисы к Тайлеру Мартину. Он проводит конкурс среди своих коллег, включая старого футбольного друга Большого Майка Джимми, недавно вышедшего из тюрьмы.

Генерал Бэкман посылает Чака, Сару и Кейси в пригород Лос-Анджелеса на тайную миссию под прикрытием, где Чак и Сара будут выдавать себя за супружескую пару. Между тем, Большой Майк знакомится с женщиной на сайте знакомств, где его зарегистрировали Морган, Лестер и Джефф. К ужасу Моргана, этой женщиной оказывается его мать. После случайной загрузки части Интерсекта Фулкрама, Чак обнаруживает, что их соседями являются агенты Фулкрама. Команду захватывают агенты, и в качестве теста, они загружают свой Интерсект в мозг Чака.

Когда у Чака случается вспышка на нового бой-френда Анны, Чаку приказано подружиться с Джейсоном, чтобы определить степень его связи с Триадами. После того, как Моргана поймали, когда он следил за Анной, Чак должен убедить Триад, что Морган не шпион, а просто неудачник, преследующий Анну. Морган, не зная, как близко он был к смерти, решает, что Чак его предал.

Команде приказано получить информацию о Фулкраме, скрытую в пряжке пояса, который находится в распоряжении Коула Баркера После его захвата выясняется, что Коул секретный агент MI-6. Хотя Чак расстался с Сарой, он ревнует ее, отметив к ней интерес со стороны Коула. Чак, Коул и Сара попадаются Фулкраму, когда они пытаются использовать Коула, чтобы заманить агентов Фулкрама. Они находятся под угрозой пыток, прежде чем их спасает Кейси и тактическая команда. Между тем, нежелание Моргана жить со своей матерью, когда она встречается с Большим Майком, приводит Чака и Моргана к решению жить вместе. Однако, после того, как Коула снова захватил Фулкрам, Чак находится под 24-часовым наблюдением и вынужден переехать к Саре.

Коул совершает побег после того, как пытали агенты Фулкрама и возвращается в убежище. Сара и Кейси выслеживают ученого под кодовым названием Персей, который является идейным вдохновителем Фулкрама, чтобы создать свой собственный Интерсект. Чак узнает, что человек под кодовым названием Орион является разработчиком Интерсекта и возглавлял весь проект Интерсект. Сара борется со своими чувствами к Коулу и Чаку, в конечном счете выбирает Чака. Морган пытается поговорить с Анной по поводу своего решения переехать к Чаку, но потом решает, что жить с Анной это то, что он действительно хочет.

Чак неохотно рассказывает Саре и Кейси, что он связался с Орионом, компьютерным гением, который может стереть Интерсект из головы Чака. Когда команда едет получить компьютер Ориона, который тот послал Чаку, они сталкиваются с агентом Фулкрама по имени Винсент. Однако компьютер Ориона доставлен в убежище успешно, и генерал Бэкман лично приезжает для контроля над операцией по поиску Ориона. Чак идет на встречу с Орионом, но неожиданно Ориона хватают агенты Фулкрама и сажают его в вертолет, который тут же взрывается. Тем временем, вспыхивает конфликт между «Купи Больше» в Бербанке и «Купи больше» в Беверли-Хиллз.

Обеспокоенный тем, что Сара стала слишком близка с Чаком, генерал Бэкман посылает агента Алекс Форрест для оценки деятельности Сары и временного замещения ее в качестве наставника Чака. Команда крадет из больницы Девона ключ-карту для того, чтобы установить маячок в кардиостимулятор афганского террориста. Однако их план проваливается, когда личный врач террориста обнаруживает маячок и похищает Чака, думая, что он является его хирургом. Сара, после увольнения Бэкман, помогает Кейси и Форрест спасти Чака. Отмечая, что их близкие отношения могут быть полезными в работе, Бекман восстанавливает Сару как куратора Чака.

Отец Чака и Элли Стивен Бартовски возвращается домой, чтобы повидаться с Элли. Обнаружив, что Фулкрам планирует выпустить компьютерный вирус в новой операционной системе Тэда Роарка, Чак получает работу в компании Роарка, о которой он всегда мечтал. Тем не менее, он теряет работу после того как пытается остановить основателя Тэда Роарк приступить к запуску системы. Чак говорит Саре и Кейси, что у Роарка есть свой Интерсект, но они отказываются помочь ему найти ее без доказательств. Чак идет на миссию в одиночку и помогает своему отцу, который оказывается Орионом. Они пытаются использовать Интерсект Роарка чтобы стереть оригинальный Интерсект Чака, но попадают в ловушку, и Стивена захватывает Фулкрам.

Чак заручается поддержкой его экс-подруги Джилл Робертс, агента Фулкрама, чтобы найти своего отца. Джилл и Чак изображают жениха и невесту в доме ее родителей, чтобы найти ее дядю Берни из Фулкрама. Вместо того чтобы помогать им, Берни пытается убить их, но умирает от сердечного приступа, прежде чем успевает сделать это. Кейси называет этот инцидент первым убийством Чака. Чак выясняет, где держат его отца. Чак позволяет Джилл бежать после того, как она выполнила свою сделку. Сара не подчиняется приказу Генерала Бэкман по заключению Чака под стражу, но вместо этого идет вмести с ним спасти его отца. Между тем в «Купи больше», Эмметт предает Моргана и использует его, чтобы получить звание менеджера магазина, в результате чего Большой Майк понижается в должности.

Генерал Бэкман повышает Кейси до полковника и приказывает ему вернуть Чака и Сару. Кейси находит их в мотеле в Барстоу в Калифорнии, вблизи от объекта Фулкрама под кодовым названием Блэк-Рок, где он их и арестовывает, несмотря на вмешательство со стороны Фулкрама. Подозревая Кейси в причастности к исчезновению Чака, Девон врывается в его дом. Девон думает, что Кейси — преступник, но Чак раскрывает правду о своей жизни шпиона Девону. Сара и Чак возвращаются в Блэк-Рок, а затем приезжает и Кейси, который предлагает свою помощь...