Когда Никита была трудным подростком, ее посадили в тюрьму. Но она была освобождена из камеры смертников таинственным агентством, под названием Отдел, которое сделало из Никиты шпионку и убийцу. Затем агентство и люди, которым она безгранично доверяла — предали ее и Никита сбежала... По прошествии 3 лет, находясь в подполье, Никита ищет возмездия и ясно дает понять своему бывшему боссу Перси и ее бывшим друзьям Майклу и Биркоффу, что она не остановится ни перед чем, чтобы разоблачить и уничтожить их секретные операции. Отдел продолжает рекрутировать и обучать других молодых людей, среди которых Джейден и Том, стирая всю информацию об их прежней жизни, превращая новичков в бездушных и эффективных убийц. Одной из этих новобранцев стала Алекс — красивая девушка с нелегким прошлым и ее история не так уж отличается от истории Никиты. Все новобранцы проводят часть своей профессиональной подготовки с Амандой — мастером-манипулятором, способным превратить любого гадкого утенка в прекрасного лебедя и любое разбитое сердце в сердце безжалостного убийцы.
Никита попадает в перестрелку на вокзальной станции. Перси и Майкл получают новое задание: доставить преступника по кличке Славик, разыскиваемого за военные преступления, в охраняемое место. Никита узнает об убежище для Славика и пытается сорвать задание, но таинственная группа наемников, ищущих ядерные материалы, мешают ее планам. Алекс активируется раньше, чем ожидалось для специального задания и сразу опадает в перестрелку. Флэшбэк расскажет о поворотном моменте в жизни Никиты.
Никита спасает Джилл, журналистку, которая пытается разоблачить заговор с участием Отдела и предотвратить авиакатастрофу. Майкл и Перси подозревают, что Биркофф работает на Никиту и отправляют Аманду допросить его. Майкл заручается поддержкой новобранцев, Алекс, Джейден и Тома, чтобы помочь им найти свою последнюю цель.
Никита узнает кое-что о своем прошлом, когда нанимается в качестве няни к влиятельному государственному чиновнику. В ходе миссии, Майкл приходит на помощь Никите и начинает подозревать, что у Перси есть скрытые мотивы. Тем временем в Отделе, Алекс проходит базовую подготовку и страдает от способа, который придумала Аманда, чтобы излечить ее клаустрофобию.
Секреты Отдела оказываются под угрозой обнародования всему миру, когда Оуэн, оперативник Отдела, сбегает вовремя ограбления банка и становится ренегатом. Перси решает лично найти Оуэна, поэтому Майкл заподозрил, что у Перси есть скрытые мотивы. Никита и Оуэн идут голова к голове, пока не сталкиваются с Перси в напряженном противостоянии. Алекс пробирается в офис Перси, чтобы предупредить Никиту, но там ее застает Том и между молодыми людьми возникает интимный момент.
Никита узнаёт, кто убил ее жениха. На автобус заполненный новобранцами Отдела нападают террористы, которые похищают Алекс и Тома — они не знают, что это тест придуманный Отделом. Перси, Майкл и Аманда наблюдают, как Алекс подвергается пыткам. Алекс вырывается на свободу и обращается к Никите за помощью. Между тем, Никита завоевывает доверие Оуэна и он раскрывает некоторые сокрушительные подробности о смерти жениха Никиты.
Алекс сообщает Никите, что один из новобранцев был активирован для осуществления самоубийственной миссии. Никита перехватывает новобранца практически под носом у Майкла и обе стороны начинают перестрелку. Тем временем в стенах Отдела другой новобранец решает атаковать охранников, создав невероятный хаос.
Отдел посылает Тома устранить Анну — женщину, которая была в тайной связи с американским сенатором. Отдел согласен замести следы, так как сенатор соглашается пропихнуть законопроект, который поможет дальнейшему финансированию Отдела. Никита, с помощь Алекс, попыталась обратиться к родителям Анны, но разговор пошел совсем не так, как она ожидала.
Никита и Майкл временно объединяются в команду, чтобы уничтожить террориста, который убил семью Майкла много лет назад. Когда Перси узнает эту информацию, он посылает агента Отдела убить Никиту, но, в конечном итоге, агент ставит под угрозу срыва миссию, что приводит к захвату Майкла террористической группировкой. Тем временем, в Отделе, Алекс поймана за просмотром медицинских файлов и ей приходится выдумать ложь, в которую она втягивает Джейден и это ставит под удар ее прикрытие.
Никита становится пленницей ЦРУ. Оуэн делится секретной информацией о черных ящиках Отдела со СМИ, свидетельствуя, что правительство США несет ответственность за убийства в Чили. В результате, Перси ложно обвиняет агента ЦРУ, Райана, в преступлении. Никита и Оуэн отправляются в Чили, чтобы спасти Райана от наемников, но попадают в плен. Пытаясь спасти их жизни, Никита раскрывает секреты Отдела Райану. Тем временем, в Отделе, Алекс шпионит за Перси и Биркоффом и становится свидетельницей такой стороны Перси, которой она прежде никогда не видела.