Последовавший за Одри в амбар Дюк необъяснимым образом оказывается в Бостоне спустя полгода, но для него прошло всего несколько секунд. В Бостоне он встречает Дженнифер Мейсон, которая слышит голоса в своей голове и лечится от шизофрении, но внезапно обнаруживает, что имена, которые она слышит, — не выдумка: Одри, Дюк, Нейтан, амбар действительно существуют. Правда, насчёт существования амбара и местонахождения Одри никто не может сказать ничего конкретного. Дюк привозит Дженнифер в Хейвен. Выясняется, что Нейтан уволился из полиции: беды не кончились, многие жители пострадали от метеоритного дождя, а Нейтан винит в этом себя. Шерифом Хейвена стал Дуайт, а за Нейтаном охотятся Джордан и «Стражи», жаждущие его смерти.
Вернувшись в Хейвен, Дюк застаёт в «Чайке» своего брата — Уэйда Крокера, который ничего не знает о семейном проклятии.
В городе происходит несколько таинственных смертей: жертвы погибают от самовозгорания. Но в Хейвене часто все оказывается не так просто, как кажется. Чувство вины единственного выжившего становится сильным толчком к новым бедам.
Полиция не может объяснить причины смерти людей, чьи обескровленные тела были обнаружены в Хейвене. Жители злятся на Нейтана за то, что он стрелял в агента Ховарда и уничтожил амбар, но злость некоторых гораздо сильнее, чем кажется на первый взгляд.
Серия необычных похищений ввергает город в панику. Нейтан и Дуайт должны найти пропавших детей раньше, чем они станут жертвами обстоятельств. Дюк помогает Дженнифер научиться слышать голоса из амбара в надежде найти Одри.
Несколько очень необычных самоубийств наталкивают команду детективов на мысль о существовании некоего гипнотизера. Но даже новенька Лекси видит, что здесь кроется нечто большее, чем кажется на первый взгляд.
Люди начинают видеть обратный отсчёт на различных дисплеях. Когда отсчёт доходит до нуля, они умирают. Нейтан и Одри пытаются остановить это.
Дженнифер готовится к собеседованию в «Хейвен геральд». Уэйд говорит Дюку, что собирается покинуть Хейвен.
Странные события происходят в Хейвене: некоторые участки города оказываются в области такого высокого давления, как на глубине моря. Дженнифер разыскивает свою биологическую семью, неожиданно она видит странного мечехвоста с человеческими глазами.
Когда Дуайта похищают, Одри шокирована, узнав, что за этим стоят не только таинственные обитатели амбара. И оказывается, у них есть еще один пленник — Уильям. Ему стерли память: он не помнит ни Лекси, ни амбара...
Одри попадает в «альтернативный» Хейвен — самый спокойный городок на побережье, не знающий никаких проблем. Горожане там не обладают никакими сверхспособностями и живут обычной жизнью: Нейтан там врач, женат и счастлив, а Дюк — потомственный полицейский. Единственная проблема в том, что в этот «альтернативный» Хейвен попадает и Уильям, и ему спокойное существование Хейвена совсем не нравится; он заставляет Одри искать способ вернуться в «нормальный» Хейвен.
В Хейвен приезжают «охотники за привидениями» — два любителя паранормальных явлений с видеокамерой. В это время происходит череда странных убийств — непонятное существо вырывает сердце у жертв. Дуайт, Нейтан и Дюк выясняют, что у всех жертв одинаковая дата рождения, и такая же дата рождения у Дженнифер. Выясняется, что Дженнифер не только слышит то, чего не слышат другие, но и видит.
Чтобы спасти дитя, убивающее окружающих своим плачем, Одри должна наделить кого-то из его окружения «проблемностью тишины». Уильям учит Одри создавать проблемности, надеясь разбудить её темную сущность.
Одри возвращает Дюку его семейное проклятие, но теперь оно имеет странные побочные эффекты. Для открытия дверей в другой мир нужны четыре человека, которые пришли из него. Одри вспоминает свою сущность по имени Марра. После совершения ритуала и изгнания Уильяма Дженнифер понимает, что это было ошибкой, и падает замертво.