Нейтан и Дюк ищут Одри, похищенную инопланетянами.
Молчаливые полуголые варвары бродят по Хейвену, но откуда они взялись? Одри и Нейтан должны это выяснить, пока не случилось ещё больше бед.
Расследование странного убийства приводит бостонского полицейского в Хейвен, где убийства продолжаются. Все жертвы связаны кровным родством.
Одри и Нейтан, расследуют непонятные смерти, связанные с водой. В расследовании им помогает Дюк, что не радует Нейтана. Нейтан узнаёт о таинственной организации «Охотники», а Одри начинает вспоминать некоторые моменты своей прошлой жизни.
Странная девушка в белом платье вершит суд по принципу «око за око». Одри пытается вспомнить прошлое с помощью Клэр.
В вечер Хэллоуина двое подростков попадают в заброшенный дом.
В Хейвене происходит череда странных смертей и воскрешений. Одри и Дюк едут в Колорадо, чтобы найти Джеймса Когана. Нейтан раскрывает убийцу с крепёжным пистолетом и тот убивает Нейтана.
У Одри есть только один шанс воскресить Нейтана — разбудить чужую беду.
Дюк попадает в прошлое и встречает своего деда. Нейтан попадает в прошлое и встречает Сару. Из-за изменений в прошлом в Хейвене по эффекту бабочки изменяется настоящее — и отнюдь не к лучшему. Нейтан и Дюк должны направить события в прошлом по нужному руслу, чтобы вернуться в свой, «нормальный» Хейвен. Сара помогает им в этом.
Маленькая девочка управляет людьми. Многие пытаются заполучить её и использовать её способности. Нейтан и Джордан оказываются по разные стороны.
Одри и Нейтан находят всех жертв убийцы с крепёжным пистолетом. А на следующий день все жители Хейвена впадают в кому — кроме одного, который наоборот просыпается. Одри опять спасает Хейвен.
В хейвенской школе встреча выпускников класса, где учились Нейтан и Дюк. Накануне вечера убиты двое бывших учеников этого класса, причём они превратились снова в подростков. Затем кто-то превращает в подростка и Дюка. Одри узнаёт, что убийца, носящий чужую кожу, — это Арла, жена её сына Джеймса. Арла возвращает себе прежний облик с помощью своих жертв и требует от Одри найти амбар, потому что Джеймс находится в этом амбаре. Начинается метеоритный дождь.
Начинается метеоритный дождь «Охотник», и метеориты падают прямо на Хейвен. Одри может остановить это только, если останется в амбаре по доброй воле. Джеймс узнаёт правду об Арле. Одри узнаёт правду об отце Джеймса. Нейтан пытается остановить Одри, но она делает выбор. Будущее Хейвена остаётся неясным.