Малдер еле выжил после пожара в вагоне, устроенного военными по приказу Курильщика. Комиссия ФБР отправляет Скалли в принудительный отпуск, а Малдера считают погибшим. Тем временем, индейцы лечат его по старинному обычаю. Скалли обнаруживает у себя под кожей микрочип. Опрятный Человек предупреждает Скалли о покушении. Люди Курильщика ищут кассету с секретными файлами и заметают следы. Они убивают Мелиссу, приняв ее за Скалли.