События фильма разворачиваются в альтернативной реальности. Кубинский лидер Фидель Кастро объявляет программу по созданию нового человека, соответствующего высоким идеалам революции. При помощи генной инженерии на свет появляются существа с высоким интеллектом, но без чувства жалости и эмпатии. После того, как проект быстро свернули из-за неудачи, «новые люди» стали изгоями в обществе. Они организовали террористическую группу, которая совершает теракты на острове. Елена — одна из тех, кто был создан искусственно в лаборатории. Она пытается узнать о своей истории и о том, как ей стать полноценным человеком.
«Голубое сердце» — антиутопическая фантастика об альтернативной версии кубинской революции.