Бывший учитель английского языка Акияма работает переводчиком в уголовном отделе одной из американских военных баз, которые появились в Японии после Второй мировой войны. Однажды его коллегу, американского сержанта Леммита, который расследовал дело о распространении наркотиков и фальшивых долларовых купюр, находят мертвым. Офицер Поллак, хорошо знавший погибшего, не верит в несчастный случай и поручает Акияме и молодому журналисту Харасиме провести собственное расследование. Герои очень быстро понимают, что за смертью Леммита стоит могущественный криминальный синдикат, получающий поддержку крупных международных корпораций и госструктур.
Детективный триллер «Японский архипелаг» снят по мотивам одноименного романа Коитиро Есихара и частично основан на реальных загадочных преступлениях, произошедших в послевоенной Японии.