События фильма разворачиваются спустя 6 лет после первой части. Дело Саматова пересматривают, и он выходит из тюрьмы на свободу, его даже восстанавливают на службу в милицию. Теперь Саматов — начальник водной милиции в городе на Каспийском море, и его главные враги — браконьеры, которые никого не боятся и держат в страхе не только простых жителей, но и местных милиционеров. Саматов объявляет браконьерам войну.
«Кодекс молчания 2» — продолжение одноименного фильма 1989 года. Телевизионная версия фильма известна как «След черной рыбы».