Действие фильма разворачивается осенью 1941 года. Хирург Вера Трешникова вынужденно становится начальником немецкого госпиталя для гражданских в захваченном фашистами городе. На новой должности она не только спасает жизни, но и продолжает подпольную борьбу с неприятелем. Однако после освобождения города вместо награды героического врача ждут подозрения в пособничестве врагу.
Фильм «Доктор Вера» снят по одноименной повести Бориса Полевого.