Военные заинтересовались разработками ученых-биологов, которые проводили эксперименты по генетической мутации растений. Благодаря их усилиям удалось вырастить гигантские экземпляры съедобных растений. Но военные увидели в этой технологии иную пользу. Они применили генетические мутации к таким животным, как вараны и кобры, чтобы использовать их в военных целях. Но эксперимент вышел из-под контроля, и гигантские экземпляры вырвались на свободу. Остров, на котором проводились эксперименты, оказался оккупирован огромными, ядовитыми существами. Чтобы спасти людей, попавших в ловушку, на остров прибывает отряд защитников окружающей среды под предводительством капитана Майка Стоддарда. «Комодо против Кобры» — фильм ужасов о генетическом эксперименте, окончившемся катастрофой.