Документальный фильм о множестве религиозных верований, распространенных на территории России, глубокой ортодоксальности русского человека и — одновременно — его почти языческих убеждений. Среди героев картины Вернера Херцога — настоящий русский знахарь и человек, утверждающий, что он является одной из реинкарнаций Иисуса. В киноленту включены несколько музыкальных фрагментов, среди которых колокольный звон и горловое пение. «Колокола с глубины» — настоящее исследование того, что принято называть «русским духом».