Спустя пятнадцать лет после событий первого фильма Токио превратился в Зебра-Сити. Отныне в городе введено «время зебры», пятиминутный период, когда все преступления могут совершаться совершенно безнаказанно. Однажды в этот период кто-то покушается на убийство самого Зебрамена. Потерявший память после нападения супергерой объединяется с врачом Шинпэем, чтобы остановить хаос и безумие, которые царят на улицах города.