События происходят в 2057 году в Лос-Анджелесе. Человечество создало суперумных кибернетически измененных существ, омег. Те самостоятельно стали изменять свою программу, отчего чуть не наступил хаос. Чтобы предотвратить худшие последствия эксперимента, было принято решение уничтожить омег. Сделать это могут только подобные, но более сильные, полностью кибернетические существа — прототипы. Фильм «Прототип» считают гибридом «Терминатора» и «Робокопа».