Своеобразный сиквел «Призрака в доспехах», отличающийся трехмерным форматом и незначительными сюжетными вставками. События развиваются в мире будущего, где повсеместно распространились кибер-технологии, и люди вживили себе нейронные импланты, стали возможными так называемый «взлом мозга» и преступления, с ним связанные. Ловкий хакер Кукловод скрывается от преследования. Замахнувшись на политику, он попадает в поле зрения полиции. Оснащенный по последнему слову техники отдел 9 открывает на преступника охоту, но поймать хакера не так-то просто.